scipion-em-ispyb 1.0.0

ispyb监视器

此插件包含一个监视器，用于将数据发送到ISPYB数据库，因此需要一个工作的ISPYB数据库。 下面我们总结一下如果您还没有ispyb，测试这个插件所采取的步骤。

设置

• install mariadb：下载选择操作系统和版本（推荐的>；=10.2），按照以下步骤操作：https://downloads.mariadb.org/mariadb/repositories/#mirror=digitalocean-sfo&distro=Ubuntu&distro_release=xenial–ubuntu_xenial&version=10.3
• fix root log in：检查是否可以以根用户身份登录mysql（$mysql -u root -p）。如果登录成功，请跳过此步骤。如果不能，请使用此链接上接受的答案来修复根用户登录：https://askubuntu.com/questions/705458/ubuntu-15-10-mysql-error-1524-unix-socket。
• 以根用户身份登录：

$mysql -u root -p

• set log_bin_trust_function_creators：

MariaDB [(none)]> set global log_bin_trust_function_creators=ON;
Query OK, 0 rows affected (0.000 sec)

• create数据库：

MariaDB [(none)]> create database ispyb;
Query OK, 1 row affected (0.000 sec)

• create user for db：在我们刚刚创建的ispyb数据库上向您的用户授予权限。见https://stackoverflow.com/questions/5016505/grant-all-privileges-on-database。在这里，我们创建了一个用户用户名，可以在没有密码的情况下登录。

MariaDB [(none)]> CREATE USER username;
MariaDB [(none)]> CREATE USER username@’localhost’;
MariaDB [(none)]> use ispyb
MariaDB [(ispyb)]> GRANT ALL PRIVILEGES ON ispyb.* to username@'localhost';
MariaDB [(ispyb)]> grant all privileges on ispyb.* to username@'%';

• 添加架构：克隆此存储库并按照步骤添加架构https://github.com/DiamondLightSource/ispyb-database
• 创建配置文件：基于https://github.com/DiamondLightSource/ispyb-api/blob/master/conf/config.example.cfg

[ispyb_mysql_sp]
user = username
pw =
host = localhost
port = 3306
db = ispyb

• set ispyb_config：您可以在启动scipion doingexport ISPYB_CONFIG=path/to/ispyb.cfg的终端中完成，也可以在~/.config/scipion/scipion.conf的variables部分中进行设置

[VARIABLES]
SCIPION_NOTES_PROGRAM =
SCIPION_NOTES_ARGS =
SCIPION_NOTES_FILE = notes.txt
SCIPION_NOTIFY = False
ISPYB_CONFIG=/path/to/ispyb.conf

• 安装此插件：

scipion installp -p scipion-em-ispyb

或者，在devel模式下：

scipion installp -p local/path/to/scipion-em-ispyb --devel

运行并测试

• 运行scipion和ispy监视器：您现在应该能够在scipion的可用协议列表中找到ispy监视器。使用以下一个或所有协议启动工作流：导入电影、电影对齐、ctf估计（teststreamingworkflow是一个很好的候选者），并将它们设置为ispyb monitor的输入。出于测试目的，您可以在底部的下拉菜单中选择“test”作为数据库，并使用cm14451-2作为访问。
• ispyb import error：如果监视器由于无法导入bz2而失败，我们需要在系统libbz2 dev中安装并重新安装scipion:

sudo apt-get install libbz2-dev
rm -rf software/lib/*
rm -rf software/include/*
rm software/bin/*
scipion install -j 8

• 检查ispyb数据库中的数据：

MariaDB [ispyb]> select micrographFullPath, movieId, totalMotion from MotionCorrection;
+--------------------------------------------------------------+---------+-------------+
| micrographFullPath                                           | movieId | totalMotion |
+--------------------------------------------------------------+---------+-------------+
| Runs/000615_ProtMotionCorr/extra/movie000001_aligned_mic.mrc |       1 |     1.96068 |
| Runs/000615_ProtMotionCorr/extra/movie000002_aligned_mic.mrc |       2 |     3.57892 |
| Runs/000615_ProtMotionCorr/extra/movie000003_aligned_mic.mrc |       3 |     2.17066 |
| Runs/000615_ProtMotionCorr/extra/movie000004_aligned_mic.mrc |       4 |     1.96068 |
| Runs/000615_ProtMotionCorr/extra/movie000005_aligned_mic.mrc |       5 |     3.57892 |
| Runs/000615_ProtMotionCorr/extra/movie000006_aligned_mic.mrc |       6 |     2.17066 |
| Runs/000615_ProtMotionCorr/extra/movie000007_aligned_mic.mrc |       7 |     1.96068 |
| Runs/000615_ProtMotionCorr/extra/movie000008_aligned_mic.mrc |       8 |     3.57892 |
| Runs/000615_ProtMotionCorr/extra/movie000009_aligned_mic.mrc |       9 |     2.17066 |