scipion-em-fsc3d 3.0.7

安装

您需要使用Scipion的3.0版本才能运行这些协议。要安装插件，有两个选项：

1. 稳定版本

scipion installp -p scipion-em-fsc3d

1. 开发人员版本

   • 下载存储库

   git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-fsc3d.git
   

   • 安装

   scipion installp -p path_to_scipion-em-fsc3d --devel
   

   在

FSC3D二进制文件将使用位于software/em/FSC3D-3.0的插件自动安装，但您也可以链接现有的安装。

Important:您需要预装conda（miniconda3或anaconda3）才能使用此程序。

配置变量

CONDA_ACTIVATION_CMD：如果未定义，它将依赖于 路径（不推荐），这可能导致混合scipion的执行问题 Python和康达。下面可以看到一个例子，但是 根据您的conda版本和shell，您需要一些不同的东西： CONDA_ACTIVATION_CMD=eval“$（/extra/miniconda3/bin/CONDA外壳.bash钩子）“

FSC3D_HOME（默认值=software/em/FSC3D-3.0）： 安装3DFSC的路径。

FSC3D_ACTIVATION_CMD（默认值=conda activate 3DFSC）： 命令激活3DFSC环境。

正在验证

要检查安装，只需运行以下Scipion测试：

scipion test fsc3d.tests.test_protocols_3dfsc.Test3DFSC

支持的版本

3.0款

协议

• 分辨率估计

参考文献

1. 谭咏梓、鲍德温、戴维斯、威廉姆森、波特、卡拉格、柳姆斯基。通过倾斜处理单粒子低温电子显微镜中的首选样品取向。《自然方法》第14卷，第793-796页（2017年）。在