scipion-em-chimera 1.0.2

Chimera Scipion插件

这个插件允许在scipion框架中使用chimera命令。

chimera是一个交互式的可视化和分析分子结构及相关数据的程序。它是由用于生物计算、可视化和信息学的资源开发的（有关详细信息，请参见Chimera home page）。

安装此插件

您需要使用2.0.0版本的scipion来运行这些协议。要安装插件，有两个选项：

• 稳定版本

scipion installp -p scipion-em-chimera

或

• through the plugin manager GUI by launching Scipion and following Configuration >> Plugins

• 开发者版本

1. 下载存储库：

git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-chimera.git

1. 安装：

scipion installp -p path_to_scipion-em-chimera --devel

• 二进制文件

嵌合二进制文件将被自动安装在插件中，但您也可以链接现有的安装。 假定默认安装路径为software/em/chimera-1.13.1，如果要更改，请将scipion.conf文件中的chimera-home设置为安装chimera的文件夹。

• 测试

使用Chimera版本测试：1.13.1。

要检查安装，只需运行以下scipion测试：

• scipion test chimera.tests.test_protocol_chimera_操作
• scipion test chimera.tests.test_protocol_chimera_fit
• scipion test chimera.tests.test_protocol_modeller_搜索
• scipion test chimera.tests.test_protocol_联系人

• 支持的chimera版本

1.13.1

协议

• rigit拟合：使用刚性拟合算法将原子结构（pdb/cif）拟合到3d地图。
• 模板模型：使用Modeller模拟蛋白质的三维结构。
• 接触：根据范德华半径识别原子间{a4}。
• 操作：提供对chimera的访问，并允许将结果保存在scipion框架中。
• restore：此协议打开chimera并恢复先前用命令scipionwrite或scipions保存的会话。

示例

见Model Building Tutorial

buildbot状态

状态开发版本：

状态生产版本：