处理原子结构文件的scipion插件(pdb/mmcif)

scipion-em-atomstructutils的Python项目详细描述


Atom结构实用工具scipion插件

处理pdb/mmcif原子结构文件的实用程序:

当前插件实用程序:

  • 从原子结构中提取链(pdb/cif文件)
  • 执行多个原子结构的并集

在名为“操作”的单一协议中实现

安装此插件

您需要使用2.0.0版本的scipion来运行这些协议。要安装插件,有两个选项:

  • 稳定版本
scipion installp -p scipion-em-atom_struct_utils

  • through the plugin manager GUI by launching Scipion and following Configuration >> Plugins
  • 开发者版本
  1. 下载存储库:
git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-atom_struct_utils.git
  1. 安装:
scipion installp -p path_to_scipion-em-atom_struct_utils --devel
  • 二进制文件

atom_struct_utils插件是一个纯python模块,不需要二进制文件。

  • 测试
要检查安装,只需运行以下scipion测试:
  • scipion测试–grep testoperate–运行
  • scipion测试–grep testconvertsymetry–运行

buildbot状态

状态开发版本:

http://scipion-test.cnb.csic.es:9980/badges/atomstructutils_devel.svg

状态生产版本:

http://scipion-test.cnb.csic.es:9980/badges/atomstructutils_prod.svg

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