创建sbml模型的python实现的包。
sbmltoodep的Python项目详细描述
sbmltoodepy
概述
sbmltoodepy是一个软件包，它可以将系统生物标记语言（sbml）模型转换为python类，这些类可以快速地合并到用python编写的生物医学系统建模项目中，例如多尺度仿真平台computell3d，或者直接用作python中的常方程模型进行模拟。
作者
俄克拉何马州立大学化学工程学院Steve M.Ruggiero和Ashlee N.Ford Versypt
用法
这个包最简单的用法是使用parseandgenerate函数快速创建sbml模型的python实现。
importsbmltoodepyParseAndCreateModel(inputFilePath,jsonFilePath=None,outputFilePath=None,className="SBMLmodel")
参数为：
- inputfilepath:sbml模型的文件路径。
- jsonflepath：一个可选的文件路径，如果提供了这个路径，函数将在其中创建一个包含所有模型元素的json文件。如果未提供，则不会创建json文件。
- outputfilepath：创建python模型实现的可选文件路径。如果未提供，则假定输出路径与输入路径相同，但扩展名为.py。
- class name：由该函数创建的文件定义的类的名称。
这将创建一个新的python文件，其中包含实现sbml模型的类。
若要运行模型，请实例化该类并使用所需的timestep deltat和可选的公差规范调用runsimulation方法。
model=SBMLmodel()model.RunSimulation(deltaT,absoluteTolerance=1e-12,relativeTolerance=1e-6)
安装说明
sbmltoodepy可以使用pip下载：
pip install sbmltoodepy
要测试包，请使用test package函数。
importsbmltoodepysbmltoodepy.utilities.TestPackage()
testpackage函数发出一个警告，警告您尝试设置一个常量种类和6个数字。
1.27949533562E-06
9.42747177955E-10
1.33080766722E-07
9.79758065656E-08
4.05696056523E-07
2.66117319017E-05
这些是使用sbmltoodepy生成的模型结果与copasi分别为the sbmltoodepy/sbml_files subdirectory:smallbone2013、borisov2009、guyton1972、kerkhoven2013、waugh2006和zi2011提供的六种不同模型计算的结果之间的物种、参数和间隔的平均相对误差。这些例子在tutorial中有更详细的讨论。
支持python包
此项目中使用了以下python包，生成和运行python模型时需要这些包：
链接
有关使用此软件包的详细信息，click here to see the tutorial.
有关sbml的更多信息，包括支持sbml的规范和其他软件，click here for the SBML web site
对于sbml模型的良好来源，the BioModels repository is a great place to search.
对于这个项目的代码文档，click here.
对于这个项目的github存储库，click here.
致谢
这里描述的软件包部分是通过俄克拉荷马州科学技术进步中心授予hr17-057号项目的资金而实现的。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
