sbml可缩放可视化实用程序。
sbml_vis的Python项目详细描述
#mimoza
*mimoza*是一个用于代谢模型可视化和导航的python库，它允许您
以语义可缩放的方式探索代谢模型。
*mimoza*结合了[模型泛化方法]（http://metamogen.gforge.inria.fr）
（[zui]（http://en.wikipedia.org/wiki/zooming_user_interface））
范式，允许人类专家以语义上可缩放的方式探索代谢网络模型。
*mimoza*采用[sbml]格式的代谢模型，将其推广到检测类似的代谢产物和类似的反应，并自动创建一个3级可缩放地图：
1。最详细的视图用基于泛化的布局表示初始网络
（相似的代谢物和反应彼此相邻）。
2。中间视图显示了每个隔间中反应和代谢物的广义版本；
3。总视图表示隔间及其之间的传输反应。
*mimoza*强调了一般模型结构及其差异，如替代路径或缺失反应，
，允许用户以自上而下的方式进行分析。
模型的版本及其布局；
*[sbgn]（http://www.sbgn.org）模型的表示。
**9:***10
[doi:10.1186/s12918-015-015-0151-5]（http://identifiers.org/doi/10.1186/s12918-0118-015-0151-5）
*mimoza*使用[libsbml]库（http://sbml.org/software/libsbml）对python使用[libsbml]对python使用[libsbml]对python使用了[libsbml]库（http://sbml.org/http://sbml.org/software/libsbml）对python使用了[libsbml]库，对python使用了[libsbml安装python libsbml实验版
```
*mimoza*使用python的[模型通用化]（https://github.com/annazhukova/mod-gen）库生成模型的通用视图和[mod-sbml]（https://github.com/annazhukova/mod-sbml）库。
安装它们sbml-u-generalization
```
*mimoza*使用[tulip 4.4]（http://tulip.labri.fr/documentation/current/tulip-python/html/index.html）python库来布局代谢网络。
要安装它：
``bash
sudo pip3 install tulip python
```
*mimoza*使用[sympy]（http://www.sympy.org）。如果您想在[sbgn pd]中导出地图，[geojson]（https://pypi.python.org/pypi/geojson）、
和[jinja2]（http://jinja.pocoo.org）：
``bash
sudo pip3 install sympy
sudo pip3 install geojson
sudo pip3 install jinja2
``
安装[libsbgn-bindings for python]（https://github.com/matthiaskoenig/libsbgn-python）：
```bash
sudo pip3 install libsbgnpy
````
*mimoza*还使用了[fluel]（http://fluejs.com/）、[chebi ontology]（http://www.ebi.ac.uk/chebi/）、
和[the gene ontology]（http://geneology.org）。但您不需要安装它们。
*mimoza*是使用[pycharm]开发的（http://www.jetbrains.com/pycharm）。
执行：
``bash
python3 setup.py
``````
不要忘记安装依赖项（见上图）。
moza运行mimoza
执行：
``bash
python3/main.py--model-path-to-u-you-model.xml--verbose
`
`````
```````````````````
/>合并存档]（http://co.mbine.org/documents/archive），包含：
*可视化模型（您可以在浏览器中看到结果（index.html文件位于combine archive中））；
*具有组和布局扩展名的sbml文件，表示模型及其布局的初始版本和通用版本；
*sbgn表示模型（如果sbgn绑定已安装，请参阅依赖项）。
*mimoza*是一个用于代谢模型可视化和导航的python库，它允许您
以语义可缩放的方式探索代谢模型。
*mimoza*结合了[模型泛化方法]（http://metamogen.gforge.inria.fr）
（[zui]（http://en.wikipedia.org/wiki/zooming_user_interface））
范式，允许人类专家以语义上可缩放的方式探索代谢网络模型。
*mimoza*采用[sbml]格式的代谢模型，将其推广到检测类似的代谢产物和类似的反应，并自动创建一个3级可缩放地图：
1。最详细的视图用基于泛化的布局表示初始网络
（相似的代谢物和反应彼此相邻）。
2。中间视图显示了每个隔间中反应和代谢物的广义版本；
3。总视图表示隔间及其之间的传输反应。
*mimoza*强调了一般模型结构及其差异，如替代路径或缺失反应，
，允许用户以自上而下的方式进行分析。
模型的版本及其布局；
*[sbgn]（http://www.sbgn.org）模型的表示。
**9:***10
[doi:10.1186/s12918-015-015-0151-5]（http://identifiers.org/doi/10.1186/s12918-0118-015-0151-5）
*mimoza*使用[libsbml]库（http://sbml.org/software/libsbml）对python使用[libsbml]对python使用[libsbml]对python使用了[libsbml]库（http://sbml.org/http://sbml.org/software/libsbml）对python使用了[libsbml]库，对python使用了[libsbml安装python libsbml实验版
```
*mimoza*使用python的[模型通用化]（https://github.com/annazhukova/mod-gen）库生成模型的通用视图和[mod-sbml]（https://github.com/annazhukova/mod-sbml）库。
安装它们sbml-u-generalization
```
*mimoza*使用[tulip 4.4]（http://tulip.labri.fr/documentation/current/tulip-python/html/index.html）python库来布局代谢网络。
要安装它：
``bash
sudo pip3 install tulip python
```
*mimoza*使用[sympy]（http://www.sympy.org）。如果您想在[sbgn pd]中导出地图，[geojson]（https://pypi.python.org/pypi/geojson）、
和[jinja2]（http://jinja.pocoo.org）：
``bash
sudo pip3 install sympy
sudo pip3 install geojson
sudo pip3 install jinja2
``
安装[libsbgn-bindings for python]（https://github.com/matthiaskoenig/libsbgn-python）：
```bash
sudo pip3 install libsbgnpy
````
*mimoza*还使用了[fluel]（http://fluejs.com/）、[chebi ontology]（http://www.ebi.ac.uk/chebi/）、
和[the gene ontology]（http://geneology.org）。但您不需要安装它们。
*mimoza*是使用[pycharm]开发的（http://www.jetbrains.com/pycharm）。
执行：
``bash
python3 setup.py
``````
不要忘记安装依赖项（见上图）。
moza运行mimoza
执行：
``bash
python3/main.py--model-path-to-u-you-model.xml--verbose
`
`````
```````````````````
/>合并存档]（http://co.mbine.org/documents/archive），包含：
*可视化模型（您可以在浏览器中看到结果（index.html文件位于combine archive中））；
*具有组和布局扩展名的sbml文件，表示模型及其布局的初始版本和通用版本；
*sbgn表示模型（如果sbgn绑定已安装，请参阅依赖项）。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
