基于知识的sbml代谢模型综合。
sbml_generalization的Python项目详细描述
#mod_gen：代谢模型的基于知识的泛化
**模型泛化**是一个python库，它使用基于知识的模型泛化方法压缩代谢网络模型
。
**模型泛化**以[sbml格式]（http://sbml.org/）的模型作为输入，并生成2个sbml文件作为输出：
*sbml包含具有[组扩展名]的通用模型
*sbml文件（http://sbml.org/documents/specifications/sbml_level_3/packages/groups）
包含初始模型加上代表类似代谢物和类似反应的组。
谢尔曼DJ。**基于知识的代谢模型概括。**
*J Comput Biol.*2014年7月；**21**（7）：534-47[doi:10.1089/cmb.2013.0143]（http://identifiers.org/doi/10.1089/cmb.2013.0143）
[CHBI Ontology ]（http://www. EBI.AC.UK/CHEBI/）提取。BR/>相同的广义物种之间的反应被归纳为广义反应。
它尊重语义约束，如反应化学计量、连接性和隔室间的运输；
它通过一种启发式方法来执行，这种方法在基因组规模模型的实践中是有效的。
如果模型中不存在代谢物
的chebi注释，则该方法尝试通过比较代谢物的名称
与chebi术语的名称和同义词来自动推断它。具有相同广义反应物且
相同广义产物的反应，被认为是等价的，并被分解为一个广义反应。
*化学计量保留限制：*参与同一反应的代谢物不能组合在一起；
2。*代谢物多样性限制：*不参与任何一对类似反应的代谢物不被分组在一起（因为网络中没有证据表明它们相似）。
基于最一般代谢物分组（由chebi定义）的攻击性反应分组，
以生成反应分组候选者；
2。对某些代谢物和反应进行解组，以纠正违反化学计量保留限制的情况；
>3。一些代谢物的解组（同时保持反应分组完整）以纠正对代谢物多样性限制的违反。
例如，*（s）-3-羟基癸酰基-coa*，*（s）-3-羟基月桂酰基-coa*和*（s）-3-羟基十四酰基-coa*
在chebi中有共同的祖先*羟基脂肪酰基-coa*。如果在网络中没有反应的化学计量学会被这样的概括所改变，它们可以被分组并概括为羟基脂肪酰coa，
（化学计量学保留限制）。存在类似的反应，消耗或产生它们
（代谢物多样性限制）。
< BR> > BR/>安装> BR/> BR/>从您提取的档案目录中，执行：
``bash
python setup.py
```
``bash
``python3./sbml撸u generalization/runner/main.py--model path撸u to撸u your撸model.xml--verbose
`````
包含广义模型：
*path_to_your_model_generalized.xml——包含e generalized model
*path_to_your_model_with_groups.xml—具有组扩展名的sbml文件，包含初始模型
以及表示类似代谢物和类似反应的组。
**模型泛化**是一个python库，它使用基于知识的模型泛化方法压缩代谢网络模型
。
**模型泛化**以[sbml格式]（http://sbml.org/）的模型作为输入，并生成2个sbml文件作为输出：
*sbml包含具有[组扩展名]的通用模型
*sbml文件（http://sbml.org/documents/specifications/sbml_level_3/packages/groups）
包含初始模型加上代表类似代谢物和类似反应的组。
谢尔曼DJ。**基于知识的代谢模型概括。**
*J Comput Biol.*2014年7月；**21**（7）：534-47[doi:10.1089/cmb.2013.0143]（http://identifiers.org/doi/10.1089/cmb.2013.0143）
[CHBI Ontology ]（http://www. EBI.AC.UK/CHEBI/）提取。BR/>相同的广义物种之间的反应被归纳为广义反应。
它尊重语义约束，如反应化学计量、连接性和隔室间的运输；
它通过一种启发式方法来执行，这种方法在基因组规模模型的实践中是有效的。
如果模型中不存在代谢物
的chebi注释，则该方法尝试通过比较代谢物的名称
与chebi术语的名称和同义词来自动推断它。具有相同广义反应物且
相同广义产物的反应，被认为是等价的，并被分解为一个广义反应。
*化学计量保留限制：*参与同一反应的代谢物不能组合在一起；
2。*代谢物多样性限制：*不参与任何一对类似反应的代谢物不被分组在一起（因为网络中没有证据表明它们相似）。
基于最一般代谢物分组（由chebi定义）的攻击性反应分组，
以生成反应分组候选者；
2。对某些代谢物和反应进行解组，以纠正违反化学计量保留限制的情况；
>3。一些代谢物的解组（同时保持反应分组完整）以纠正对代谢物多样性限制的违反。
例如，*（s）-3-羟基癸酰基-coa*，*（s）-3-羟基月桂酰基-coa*和*（s）-3-羟基十四酰基-coa*
在chebi中有共同的祖先*羟基脂肪酰基-coa*。如果在网络中没有反应的化学计量学会被这样的概括所改变，它们可以被分组并概括为羟基脂肪酰coa，
（化学计量学保留限制）。存在类似的反应，消耗或产生它们
（代谢物多样性限制）。
< BR> > BR/>安装> BR/> BR/>从您提取的档案目录中，执行：
``bash
python setup.py
```
``bash
``python3./sbml撸u generalization/runner/main.py--model path撸u to撸u your撸model.xml--verbose
`````
包含广义模型：
*path_to_your_model_generalized.xml——包含e generalized model
*path_to_your_model_with_groups.xml—具有组扩展名的sbml文件，包含初始模型
以及表示类似代谢物和类似反应的组。
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