rvenv 0.2

为什么？

我需要一个地方来放置特定于项目的r包。Python 我不可避免地安装了 项目/分析/管道似乎是个不错的地方。

安装

使用pip安装到活动的virtualenv（或者简单地将rvenv复制到 $VIRTUAL_ENV/bin）：

% virtualenv r-env
% source r-env/bin/activate
% pip install rvenv

或者从github存储库安装：

% pip install git+https://github.com/nhoffman/rvenv.git

可以使用命令行中的rvenv脚本安装 打包到$VIRTUAL_ENV/lib/R.%v-library：

% rvenv dplyr

在r脚本中包含以下行将设置库路径 要使用本地安装的软件包：

#!/usr/bin/env Rscript
if(Sys.getenv("VIRTUAL_ENV") == ""){ stop("An active virtualenv is required") }
source(file.path(Sys.getenv('VIRTUAL_ENV'), 'bin', 'rvenv'))

如上所述加载rvenv前缀$VIRTUAL_ENV/lib/R.%v-library 到库搜索路径。请参阅示例脚本script.R

要使用定义的库路径启动交互式R会话：

% eval $(rvenv -e)
% R

以及在已经运行的r会话中定义库路径：

> Sys.setenv(VIRTUAL_ENV='some/path/to/virtualenv')
> source(file.path(Sys.getenv("VIRTUAL_ENV"), "bin", "rvenv"))

用法

usage: ./rvenv [-h] [-r REQUIREMENTS] [--rm] [-U] [-l] [-e] [-R REPOS] [-v]
               [packages [packages ...]]

Install R packages to a python virtualenv

Include the following in an R script to add "$VIRTUAL_ENV/lib/R.%v-library"
to the library search path:

  #!/usr/bin/env Rscript
  if(Sys.getenv("VIRTUAL_ENV") == ""){ stop("An active virtualenv is required") }
  source(file.path(Sys.getenv("VIRTUAL_ENV"), "bin", "rvenv"))

Also see https://github.com/nhoffman/rvenv

positional arguments:
  packages              one or more package names

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -r REQUIREMENTS, --requirements REQUIREMENTS
                        a file listing packages
  --rm                  remove listed packages
  -U, --update          update existing packages
  -l, --list            list packages installed locally
  -e, --environ         print shell command to set R_LIBS
  -R REPOS, --repos REPOS
                        value for "install.packages(repos)" [http://cran.fhcrc.org/]
  -v, --verbose         be verbose when installing packages