回复突变检测仪
revmut的Python项目详细描述
.. 图片：：https://travis-ci.org/inodb/revmut.svg？branch=master
：target:https://travis ci.org/inodb/revmut
还原突变查找和验证（revmut）
=============revmut可以帮助**查找**和**验证**假设还原突变（PRMs）常见的工作流程是：
1**找到**prms（给定突变的删除，恢复读取帧的索引）
2。**annotatote**prms with onstator以获得hgvs格式的假定
回复突变的转录改变
3。**通过查看蛋白质长度的变化，验证**是否hgvs格式的一个转录改变是还原的。步骤2可以在
开发的后期添加。图片：：img/revmut_overview.png
installation
----
：：
find
----
查找模块接受变异，并找到
prms，即：
-删除整个给定变异
-如果给定变异（gm）是indel，则还原读取帧。标准是：
length（prm）+/-length（gm）3==0
测试/tests/test_data/output/t1_test.tsv
>查看输入/输出文件：
-`tests/tests/test数据/germline突变/t1_test突变/t1_test突变.tsv<；tests/test数据/germline突变/t1_test突变.tsv>；`\br/>-`tests/test数据/output/t1_test.tsv<；tests/test数据/output/t1_test.tsv>；`/tests/test数据/output/test数据/output/t1_test.tsv>；`
/>
注释PRMs目前使用“onstator webseric<；http://www.broadinstitute.org/onstator/>；”半手动完成也许在开发的后期，这将自动完成缺少vcf-to-onstator格式转换器。
验证
----
将cdna格式的给定突变应用于转录本，然后根据onstator预测的prm的cdna变化。输出提供蛋白质变化的预测。
测试/测试数据/onstator.ins.maf.out.tsv.tsv
>查看输入/输出文件：
>
-`测试/测试数据/to_be_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的数据/test/test数据/onstator.ins/test数据/onstator.data/onstator.ins/tests/stator.txt>；``
-`tests/tests/test/test/onstator.ins.maf.out.tsv<；测试/test_data/onstator.ins.maf.out.tsv>；` `
developers
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在根目录下运行测试
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noests:：
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还原突变查找和验证（revmut）
=============revmut可以帮助**查找**和**验证**假设还原突变（PRMs）常见的工作流程是：
1**找到**prms（给定突变的删除，恢复读取帧的索引）
2。**annotatote**prms with onstator以获得hgvs格式的假定
回复突变的转录改变
3。**通过查看蛋白质长度的变化，验证**是否hgvs格式的一个转录改变是还原的。步骤2可以在
开发的后期添加。图片：：img/revmut_overview.png
installation
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find
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查找模块接受变异，并找到
prms，即：
-删除整个给定变异
-如果给定变异（gm）是indel，则还原读取帧。标准是：
length（prm）+/-length（gm）3==0
测试/tests/test_data/output/t1_test.tsv
>查看输入/输出文件：
-`tests/tests/test数据/germline突变/t1_test突变/t1_test突变.tsv<；tests/test数据/germline突变/t1_test突变.tsv>；`\br/>-`tests/test数据/output/t1_test.tsv<；tests/test数据/output/t1_test.tsv>；`/tests/test数据/output/test数据/output/t1_test.tsv>；`
/>
注释PRMs目前使用“onstator webseric<；http://www.broadinstitute.org/onstator/>；”半手动完成也许在开发的后期，这将自动完成缺少vcf-to-onstator格式转换器。
验证
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将cdna格式的给定突变应用于转录本，然后根据onstator预测的prm的cdna变化。输出提供蛋白质变化的预测。
测试/测试数据/onstator.ins.maf.out.tsv.tsv
>查看输入/输出文件：
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-`测试/测试数据/to_be_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的_被还原的数据/test/test数据/onstator.ins/test数据/onstator.data/onstator.ins/tests/stator.txt>；``
-`tests/tests/test/test/onstator.ins.maf.out.tsv<；测试/test_data/onstator.ins.maf.out.tsv>；` `
developers
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noests:：
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