用于python的resolwe sdk

resdk的Python项目详细描述


Build StatusBuild (End-to-End) StatusCoverage StatusDocumentation StatusVersion on PyPISupported Python versions

resolwesdkforpython支持与Resolwe服务器的交互 以及它的扩展名Resolwe Bioinformatics。你可以用它上传 检查生物医学数据集,提供注释,运行 分析并编写管道。

文档和帮助

阅读documentation中的详细说明。

安装

从pypi安装:

pip install resdk

如果您使用macos,请注意连接到所需的Python shipped with the system doesn’t support TLSv1.2版本 任何genialis.com服务器(可能还有其他服务器)。为了解决这个问题, 安装最新版本的python 3.6+via official installer from Python.orgwith Homebrew

如果您想为sdk代码库做出贡献,请按照 installation steps for developers

快速启动

在这个展示中,我们将下载对齐读取和 来自服务器的索引(BAM和BAI):

importresdk# Create a Resolwe object to interact with the serverres=resdk.Resolwe(url='https://app.genialis.com')# Enable verbose logging to standard outputresdk.start_logging()# Get sample meta-data from the serversample=res.sample.get('resdk-example')# Download files associated with the samplesample.download()

两个文件(bam和bai)都已下载到工作目录。 看看他们。要了解有关resolwe sdk的更多信息,请继续 Getting started

如果您没有访问resolwe服务器的权限,请通过以下地址与我们联系 info@genialis.com

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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