烟斗
pyrpipe的Python项目详细描述
pyrpipe：python rna seq pipeliner
简介
pyrpipe（发音为“pyre pipe”）是一个python包，通过以面向对象的方式集成流行的RNA序列分析程序，可以轻松地开发RNA序列分析工作流。 pyrpipe可用于本地计算机或HPC环境中管理RNA序列数据的分析。用户可以使用易于使用的api来提供流行的生物信息工具 或者可以使用pyrpipe引擎模块中提供的方法在其管道中集成任何其他第三方程序。在
预印本可用here
注：由于API设计的变化，pyrpipe 0.0.4及以上版本与较低版本不兼容。
它的作用
通过提供
- 流行生物信息学工具的高级api
- 根据数据优化程序参数
- 从python执行任何linux命令的通用api（使用subprocess模块）
- 全面的日志记录功能，记录所有命令、输出及其返回状态
- 报表生成功能，便于共享、复制、基准测试和调试
先决条件
- python 3.6或更高版本
- 操作系统：Linux、Mac
pyrpipe提供API以：
| Tool | Purpose |
|---|---|
| SRA Tools (v. 2.9.6 or higher) | SRA access |
| Trimgalore | QC |
| BBDuk | QC |
| Hisat2 | Alignment |
| STAR | Alignment |
| Bowtie2 | Alignment |
| Kallisto | Quant |
| Salmon | Quant |
| Stringtie | Transcript Assembly |
| Cufflinks | Transcript Assembly |
| Trinity | Transcript Assembly |
| Samtools | Tools |
| Portcullis | Tools |
| Mikado | Tools |
阅读文档here
安装
请遵循以下说明：
创建新的Conda环境（可选）：
- 下载并安装Conda
conda create -n pyrpipe python=3.7conda activate pyrpipe
注意：您需要安装第三方工具才能使用pyrpine。我们建议尽可能通过bioconda安装这些。 推荐使用python3.7的环境文件是here。 最好使用pyrpipe脚本share your conda environment files，以确保再现性。
安装最新的稳定版本
pip install pyrpipe --upgrade
如果以上命令由于依赖关系问题而失败，请尝试：
- 下载requirements.txt
pip install -r requirements.txtpip install pyrpipe
要运行测试：
- 下载test set（direct link）
pip install pytest- 建立测试环境。请READ THIS
- 从pyrpipe根目录运行
py.test tests/test_*
安装当前开发人员版本
^{pr2}$设置NCBI SRA工具包
使用vdb-config -i配置SRA工具箱。确保：
- 在TOOLS选项卡下，prefetch downloads to设置为public user repository
- 在CACHE选项卡下，public user repository的位置不为空
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
