多嵌套和cuba集成库的访问模块
pymultinest的Python项目详细描述
这个库提供了对multinest和pycuba的编程访问。
什么是多巢?
多重嵌套是一种程序和采样技术。作为一种贝叶斯推理技术, 它允许参数估计和模型选择。(更多信息请参见 多层纸,http://arxiv.org/abs/0809.3437,或在经典的mcmc采样器中, http://apemost.sf.net/)。最近,多重嵌套加重要性嵌套抽样 (INS,请参阅http://arxiv.org/abs/1306.2144)现在也支持它。
参数空间采样的有效蒙特卡罗算法是基于 关于嵌套采样和不相交多维椭圆采样的思想。
对于科学界来说,python正在成为新的通用语言(幸运的是), 我提供了一个到multinest的接口。
自动构建确保Python2.7和Python3都正常工作 多巢和古巴。它还测试了multinest在启用mpi的情况下是否工作。
Pymultinest做什么?
pymultinest
- provides an easy-to-use interface to MultiNest and Cuba integration algorithms
- allows connecting with your existing scientific Python code (numpy, scipy)
- allows Prior & LogLikelihood functions written in Python.
- Easy plotting, visualization and summary of MultiNest results.
- Running MultiNest with MPI
也可以在现有的多输出上运行,也可以在不使用PyNeNestEt的情况下运行多个。
问题和问题
对于软件的任何问题,请打开一个问题。 这有助于其他人搜索相同的问题。
在python中使用multinest?
查看http://johannesbuchner.github.com/PyMultiNest/index.html上提供的文档
什么是pycuba?
cuba(http://www.feynarts.de/cuba/,https://github.com/JohannesBuchner/cuba)是一个低维的多维数值积分库。pycuba允许集成python函数,为scipy.integrate中提供的基本函数提供了一种高级的替代方法。
在贝叶斯意义上,可以使用cuba进行模型选择。
问:python回调函数太慢了!
如果您真的发现回调函数太慢,甚至 当使用通常的技巧(numpy等)时,可以实现和编译 它们作为c函数。
您仍然拥有整洁的python接口(默认参数等),但是 实现完全的执行速度,因为只有本机代码在 多重嵌套运行。