惯性质量测定
pyIMD的Python项目详细描述
欢迎来到皮姆德！
质量随时间的演化和相应的显微镜图像显示了20分钟的时间跨度。 质量数据每10毫秒采集一次（数据显示为黑色），覆盖红色为滚动平均值，窗口为 1000英镑。在观察的时间跨度内，每3分钟拍摄一次图像，我们看到细胞质量平均稳定增加。
随着与光学显微镜兼容的微微镜细胞天平的引入，一种新的 细胞状态依赖性细胞质量调节的研究可用于生物物理学、细胞生物学、生物化学、生物化学、生物化学、生物化学、生物化学、生物化学、生物化学等领域。 生理学和医学然而，由于a）高分辨率的数量，对数据的分析可能是一个挑战 低应力测量（低分辨率）数据的结构。在这里，我们介绍了软件pyimd，它 允许从原始数据中轻松提取非移动单元格的质量作为时间的函数。pyIMD代表 python惯性质量测定。
这篇pyimd文档描述了api，并提供了一个示例数据集以及 从jupyter或python控制台运行pyimd，但它也包含一个关于如何将pyimd用于用户的教程 接口。 该模块的目的是计算在连续扫描或锁相环（PLL）模式下进行测量的总质量/惯性质量
链接
安装
如果您为您的操作系统下载了portable，则无需进行任何安装，您可以使用pyIMD 直接通过用户界面
否则，要从源代码安装此模块，请在终端上键入：
>>> git clone https://git.bsse.ethz.ch/cunya/pyIMD >>> cd pyIMD >>> pip install .
使用量
要在python脚本中使用此模块，请编写：
>>> from pyIMD.imd import InertialMassDetermination
将文件的路径设置为绝对或相对于运行脚本的位置，即使用提供的显示案例数据：
>>> file_path1 = "/pyIMD/examples/data/show_case/0190110_ShowCase_PLL_B.txt"
>>> file_path2 = "/pyIMD/examples/data/show_case/20190110_ShowCase_PLL_A.txt"
>>> file_path3 = "/pyIMD/examples/data/show_case/20190110_ShowCase_PLL_LongTerm.txt"
>>> imd.create_pyimd_project(file_path1, file_path2, file_path3, '\t', 23, 'PLL', figure_width=16.5, figure_height=20,
initial_parameter_guess=[60.0, 2.0, 0.0, 0.0], cell_position=9.5, figure_format='pdf')
>>> imd.run_intertial_mass_determination()
列出计算的默认设置：
>>> imd.print_pyimd_project()
更改计算设置，并在调用run_intertial_mass_determination（）之前按以下方式输出图形：
>>> imd.settings.spring_constant = 4
更多信息和示例可在联机Documentation
注
使用tab completion访问对象的属性（例如，获取计算的质量）：
>>> mass = imd.calculated_cell_mass
已知问题
在IPython笔记本中，进度条工作不正常，但对计算没有影响。 在ipython笔记本中，计算速度要慢得多。
贡献
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