python实用程序与sun grid enngine接口并允许运行跨越参数空间的模拟
pyGRID的Python项目详细描述
pygrid
==
python套件,用于管理sun网格引擎计算集群上的作业。基于[pysge](https://github.com/jiahao/pysge),它增加了跨越参数空间的能力。
create package
----
pygrid使用setuptoos创建要分发的安装程序。在repository目录中键入
```
python setup.py sdist
```
,以便创建包。您可以在存储库的“dist”子目录中获取setuptools生成的存档文件以分发pygrid。
` ~/lib/python2.6/site packages`(假设您安装了python2.6版)在主目录中。
*创建`~/bin`路径。
*在`.bashrc`文件(并运行`.bashrc`中添加` export python path=~/lib/python2.6/site packages:$pythonpath`和` export path=~/bin:$path'。~/.bashrc`).
集群。
用法
----
*,编写一个BASH文件,将其传递给QSUB来运行作业:BR/> *传递选项到QSUB,将参数值包含为环境变量
*创建一个辅助XML文件,带有Exchange“.GRID”,保存已提交作业的属性
*检测崩溃的作业并重新提交它们
pygrid使用的xml文件语法记录在“pygrid/examples/basicexample.xml”中,但简言之,pygrid符合“qsub”用于指定作业选项的语法。
pygrid命令行选项可以分为三组:
*XML文件选项。此选项是*必需的*
*`-f`,指定要加载的文件的路径。
*模拟选项。它们是相互的*exlusive*并且至少有一个是*必需的*
*`-s`,指定要从XML文件加载的模拟的名称。
*`-a`,加载文件中的所有模拟。
*操作选项。告诉pygrid使用指定的模拟执行哪个操作。它们是互斥的*
*`-w`,为模拟编写shell脚本。
*`-b`,编写shell脚本并为模拟的每个参数组合提交作业
*`-c`,扫描已完成作业的输出流并检测崩溃的作业。坠毁作业的“JooSyID”和“TaskSID”被保存在“.GRID”辅助文件中。
*`-r`,重新提交崩溃的作业。
要调用pygrid命令行选项的文档,请键入“pygrid--help”。
测试
----
我为pygrid创建了一些测试,以确保基本功能在开发过程中不会被破坏。
这两个任务都需要某种系统来模拟“qsub”及其响应。
要运行测试,请使用“pip install nose”安装“nose”,然后在存储库主目录中键入
````
notests
```
。
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python套件,用于管理sun网格引擎计算集群上的作业。基于[pysge](https://github.com/jiahao/pysge),它增加了跨越参数空间的能力。
create package
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pygrid使用setuptoos创建要分发的安装程序。在repository目录中键入
```
python setup.py sdist
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,以便创建包。您可以在存储库的“dist”子目录中获取setuptools生成的存档文件以分发pygrid。
` ~/lib/python2.6/site packages`(假设您安装了python2.6版)在主目录中。
*创建`~/bin`路径。
*在`.bashrc`文件(并运行`.bashrc`中添加` export python path=~/lib/python2.6/site packages:$pythonpath`和` export path=~/bin:$path'。~/.bashrc`).
集群。
用法
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*创建一个辅助XML文件,带有Exchange“.GRID”,保存已提交作业的属性
*检测崩溃的作业并重新提交它们
pygrid使用的xml文件语法记录在“pygrid/examples/basicexample.xml”中,但简言之,pygrid符合“qsub”用于指定作业选项的语法。
pygrid命令行选项可以分为三组:
*XML文件选项。此选项是*必需的*
*`-f`,指定要加载的文件的路径。
*模拟选项。它们是相互的*exlusive*并且至少有一个是*必需的*
*`-s`,指定要从XML文件加载的模拟的名称。
*`-a`,加载文件中的所有模拟。
*操作选项。告诉pygrid使用指定的模拟执行哪个操作。它们是互斥的*
*`-w`,为模拟编写shell脚本。
*`-b`,编写shell脚本并为模拟的每个参数组合提交作业
*`-c`,扫描已完成作业的输出流并检测崩溃的作业。坠毁作业的“JooSyID”和“TaskSID”被保存在“.GRID”辅助文件中。
*`-r`,重新提交崩溃的作业。
要调用pygrid命令行选项的文档,请键入“pygrid--help”。
测试
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我为pygrid创建了一些测试,以确保基本功能在开发过程中不会被破坏。
这两个任务都需要某种系统来模拟“qsub”及其响应。
要运行测试,请使用“pip install nose”安装“nose”,然后在存储库主目录中键入
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notests
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