用于使用ebi本体查找服务构建bel资源文件的包。
pybel-ols的Python项目详细描述
pybel[1]扩展，用于使用ebi[2]本体构建bel资源 查找服务。
安装
对于开发者
从GitHub克隆存储库，并使用以下命令以可编辑模式安装：
$ git clone https://github.com/pybel/pybel-ols.git
$ cd pybel-ols
$ pip install -e .
开始
主要目标是生成一个命名空间文件。例如，要为前缀hp缩写的Human Phenotype Ontology生成命名空间，可以使用以下命令：
$ pybel-ols namespace_from_ols hp --encoding "O" --output ~/Desktop/hp.belns
其中--encoding "O"告诉它，这个本体中的所有术语都对应于病理/表型bel类型。
或者，可以使用'-b'选项指定备用ols实例
$ pybel-ols namespace_from_ols hp --encoding O --output ~/Desktop/hp.belns -b https://localhost/ols
参考文献
| [1] | Hoyt, C. T., et al. (2017). PyBEL: a Computational Framework for Biological Expression Language. Bioinformatics, 34(December), 1–2. |
| [2] | Cote, R., et al. (2006). The Ontology Lookup Service, a lightweight cross-platform tool for controlled vocabulary queries. BMC Bioinformatics, 7, 1–7. |
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