基于归一化互信息的蛋白质多序列比对聚类算法。
psicalc的Python项目详细描述
Psi计算
这是一个用于聚类多序列比对（MSAs）的软件包，它利用归一化的互信息来检查蛋白质子域。一个完整的psicalc数据可视化工具 可在此处使用：https://github.com/mandosoft/psi-calc。在
例如：
import psicalc as pc
file = "<your_fasta_file>" # e.g "PF02517_seed.txt"
data = pc.read_txt_file_format(file) # read Fasta file
data = pc.durston_schema(data, 1) # Label column index starting at 1
result = pc.find_clusters(7, data) # will sample every 7th column
pc.write_output_data(7, result)
该程序将运行并返回一个csv文件，其中包含在MSA中找到的最强集群。在
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