自由能计算设置/分析和生物分子结构处理工具包
pmx-biobb的Python项目详细描述
警告：这是pmx的开发版本，它还不稳定或不可靠。欢迎您加入 尝试/测试并提供反馈，但使用风险自负。pmxcan的当前稳定版本 在主分支中找到：https://github.com/deGrootLab/pmx
pmx是一个python库，允许用户设置和分析分子 使用Gromacs软件包进行动力学模拟。 它的主要特点之一是建立和分析炼金术自由能 蛋白质、核酸和小分子突变的计算。在
https://degrootlab.github.io/pmx/
引用
pmx是一个研究软件。如果您在科学出版物中使用它，请引用以下论文：
@article{Gapsys2015pmx,
title = {pmx: Automated protein structure and topology
generation for alchemical perturbations},
author = {Gapsys, Vytautas and Michielssens, Servaas
and Seeliger, Daniel and de Groot, Bert L.},
journal = {Journal of Computational Chemistry},
volume = {36},
number = {5},
pages = {348--354},
year = {2015},
doi = {10.1002/jcc.23804}
}
@article{Seeliger2010pmx,
title = {Protein Thermostability Calculations Using
Alchemical Free Energy Simulations},
author = {Seeliger, Daniel and de Groot, Bert L.},
journal = {Biophysical Journal},
volume = {98},
number = {10},
pages = {2309--2316},
year = {2010},
doi = {10.1016/j.bpj.2010.01.051}
}
许可证
pmx是在GNU Lesser General Public License v3.0（LGPLv3）下授权的。在
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