基于配体的药效团建模与筛选
psearch的Python项目详细描述
PSearch-基于3D配体的药效团建模
PSearch是一个生成基于3D配体的药效团模型并用它们进行虚拟筛选的工具。在
安装
pip install psearch
依赖关系
pmapper >= 0.3.1
示例
基于配体的药效团模型的建立
建议创建一个空目录，它将是您的$PROJECT_DIR，并将输入文件复制到该位置。
药效团模型的生成有两个步骤。在
- 数据集准备。在
-i-输入文件的路径-c-要使用的cpu数量
还有一些其他的论点可以使用。使用-h键调用脚本以获取完整信息。在
该脚本将一个由制表符分隔的SMILES文件作为输入，该文件包含没有标题的SMILES、compound id、activity列。
第三列应该包含一个单词active或inactive。
该脚本将活性和非活性子集上的输入化合物拆分，生成立体异构体和构象，创建带有标记药效团特征的活性和非活性化合物数据库。在
- 模型制作。在
psearch-p$PROJECT_DIR-c4
-p-项目目录的路径-c-要使用的cpu数量
还有两个值得一提的论据：-t-复合聚类创建训练集的阈值。默认值：0.4。-ts-创建训练集的策略。1-将从单个簇的质心创建一个训练集（捕获所有化合物的共同结合模式）。2-将创建多个训练集，每个集群一个（捕获复合集群的单个绑定模式）。
默认情况下，这两种策略都会使用。在
药效团模型的虚拟筛选
- 数据库创建。在
该脚本接受一个由制表符分隔的SMILES文件作为输入，该文件包含SMILES和compound id列。在
prepare_db-icompounds.smi-ocompounds.db-c4-v
-i-输入文件的路径-c-要使用的cpu数量
-v-打印进度
还有其他参数可用于调整数据库生成。要获取参数的完整列表，请调用-h键。在
- 虚拟筛选。在
screen_db-dcompounds.db-q$PROJECT_DIR/models/-oscreen_results/-c4
-d-输入生成的SQLite数据库-q-药效团模型或模型目录
如果指定一个目录，所有pma和xyz文件将被识别为药效团，并将用于筛选-o-如果为筛选提供了多个模型，则输出目录的路径或文本文件的路径-c-要使用的cpu数量
文件
所有脚本都有-h参数来检索所有可用选项和参数的描述。在
作者
Alina Kutlushina，Pavel Polishchuk公司
引文
基于配体的药效团建模使用新的三维药效团特征
Alina Kutlushina、Aigul Khakimova、Timur Madzhodov、Pavel Polishchuk
分子2018，23（12），3094
https://doi.org/10.3390/molecules23123094
许可证
BSD-3条款
- 项目
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