PromID:一个基于深入学习的工具,用于识别发起人
promid的Python项目详细描述
PromID:一个基于深度学习的工具,用于识别推动者
安装
PromID可以从github repository安装:
git clone https://github.com/PromStudy/PromID.git
cd PromID
pip install .
PromID需要tensorflow>=1.7.0
,强烈建议使用GPU版本。在
使用
可以从命令行运行PromID:
^{pr2}$所需参数:
-I
:输入fasta文件。在-O
:输出bed文件。在
可选参数:
-D
:预测的TSS之间的最小软距离,默认为1000。在-C
:用于启动子预测的以逗号分隔的染色体列表,默认为all。在-T1
:扫描模型的决策阈值,默认为0.2。在-T2
:预测模型的决策阈值,默认为0.5。在
- 项目
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