PromID:一个基于深入学习的工具,用于识别发起人

promid的Python项目详细描述


PromID:一个基于深度学习的工具,用于识别推动者

安装

PromID可以从github repository安装:

git clone https://github.com/PromStudy/PromID.git
cd PromID
pip install .

PromID需要tensorflow>=1.7.0,强烈建议使用GPU版本。在

使用

可以从命令行运行PromID:

^{pr2}$

所需参数:

  • -I:输入fasta文件。在
  • -O:输出bed文件。在

可选参数:

  • -D:预测的TSS之间的最小软距离,默认为1000。在
  • -C:用于启动子预测的以逗号分隔的染色体列表,默认为all。在
  • -T1:扫描模型的决策阈值,默认为0.2。在
  • -T2:预测模型的决策阈值,默认为0.5。在

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