PM4NGS为下一代测序（ngs）数据分析生成标准组织结构
pm4ngs的Python项目详细描述
PM4NGS：NGS数据分析项目经理
PM4NGS旨在为下一代测序生成标准组织结构 数据分析包括项目的目录结构、用于数据管理的Jupyter笔记本和CWL工作流 用于管道执行。在
我们的研究灵感来自威廉·诺布尔教授2009年发表的一篇论文： A Quick Guide to Organizing Computational Biology Projects。 我们强烈建议阅读本文，以便更好地理解本项目的指导原则。在
项目由三个主要部分组成。第一个是project组织结构 为项目定义标准文件和目录。第二部分是作为用户的Jupyter笔记本 用于数据管理和可视化的接口。第三部分是执行数据的CWL工作流 分析。在
PM4NGS源代码包括cookiecutter用于生成项目的模板 组织结构和Jupyter笔记本。CWL工作流在一个单独的GitHub项目中定义，该项目名为： cwl-ngs-workflows-cbb。在
由Cookiecutter驱动， Jupyter Notebook，CWL，Docker， Conda和{a8}。在
文件
有关详细信息，请转到https://pm4ngs.readthedocs.io。在
参考文献
Vera Alvarez R，Pongor LS，Mariño-Ramírez L和Landsman D.Containerized open-source framework for NGS data analysis and management[版本1；未经同行评审]。F1000Research 2019，8（ISCB Comm J）：1229（海报）（doi:10.7490/F1000Research.1117155.1）
特点
- 基于Jupyter笔记本、CWL工作流和cookiecutter项目模板的NGS数据集成、管理和分析
- 易于安装和使用，命令行交互最少。在
- 数据分析CWL工作流从Jupyter笔记本电脑执行，具有自动故障检测功能，并使用发布的数据进行验证
- CWL工作流和Jupyter笔记本电脑准备好进行云计算
- 使用CWL创建项目内容后的工作流和动态数据处理
- Docker/Biocontainers或Conda/Bioconda用于生物信息学工具的安装和管理
外部依赖关系
- 波普勒
公共领域通知
国家生物技术信息中心。在
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