1000路及以上的尖峰排序和ephys数据分析
ph的Python项目详细描述
#物理工程
[！[生成状态]（https://img.shields.io/travis/kwikteam/phy.svg)](https://travis-ci.org/kwikteam/phy） [！[codecov.io]（https://img.shields.io/codecov/c/github/kwikteam/phy.svg)](http://codecov.io/github/kwikteam/phy?branch=master） [！[文档状态]（https://readthedocs.org/projects/phy/badge/?version=latest)](https://readthedocs.org/projects/phy/？徽章=最新） [！[PYPI发布]（https://img.shields.io/pypi/v/phy.svg)](https://pypi.python.org/pypi/phy） [！[github发布]（https://img.shields.io/github/release/kwikteam/phy.svg)](https://github.com/kwikteam/phy/releases/latest） [！[加入聊天室https://gitter.im/kwikteam/phy](https://badges.gitter.im/Join%20Chat.svg)](https://gitter.im/kwikteam/phy?utm_source=badge&utm_medium=badge&utm_campaign=pr-badge&utm_content=badge）
[phy]（https://github.com/kwikteam/phy）是python中的一个开源神经生理学数据分析包。它提供了分类、分析和可视化细胞外记录的功能，这些记录是由包含数百到数千个记录点的高密度多电极阵列产生的。
##概述
phy包含以下子包：
- phy.cluster.manual：用于手动排序的api，用于为神经生理学数据创建图形界面
- phy.gui：使用pyqt创建桌面应用程序的通用api。
- phy.plot：使用vispy创建高性能绘图的通用api（通过opengl使用图形处理器）
phy面向开发人员，不提供任何i/o代码。它只提供python例程来处理和可视化数据。
##物理控制
[phy contrib]（https://github.com/kwikteam/phy-contrib）repo包含一组具有集成gui的插件，这些插件与专用的自动集群软件一起工作。目前提供：
- kwikgui：一个手动排序gui，用于处理使用自动集群包[klusta]（http://klusta.readthedocs.org/en/latest/）处理的数据。
- template gui：一个手动排序gui，用于处理使用spyking circus和kilosort（尚未发布）处理的数据，这是基于模板匹配的峰值排序算法。
##安装
注意：安装说明很快就会简化。
确保已安装[miniconda]（http://conda.pydata.org/miniconda.html）。您可以为您的操作系统（Linux、Windows或OS X）选择Python3.5 64位版本。
下载[环境文件]（https://raw.githubusercontent.com/kwikteam/phy/master/installer/environment.yml）。
在保存文件的目录中打开终端（在Windows上，cmd，而不是powershell），然后键入：
^{tt1}$
完成！现在，要使用phy，您必须首先在终端中键入source activate phy（在windows中省略source），然后调用phy。
###更新软件
要获取软件的最新版本，请打开终端并键入：
` source activate phy # omit the `source` on Windows pip install phy phycontrib --upgrade `
##链接
- [模板gui的用户文档]（http://phy-contrib.readthedocs.io/en/latest/template-gui/）
- [开发人员文档]（http://phy.readthedocs.org/en/latest/）（正在工作）
- [邮件列表]（https://groups.google.com/forum/#!forum/phy-users）
- [示例数据存储库]（http://phy.cortexlab.net/data/）（正在工作）
##学分
phy由伦敦大学学院的[cortexlab]（https://www.ucl.ac.uk/cortexlab）的[cyrille rossant]（http://cyrille.rossant.net）、[shabnam kadir]（https://iris.ucl.ac.uk/iris/browse/profile?upi=SKADI56）、[dan goodman]（http://thesamovar.net/）、[max hunter]（https://iris.ucl.ac.uk/iris/browse/profile?upi=MLDHU99）和[kenneth harris]（https://iris.ucl.ac.uk/iris/browse/profile?upi=KDHAR02）开发。
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](https://gitter.im/kwikteam/phy?utm_source=badge&utm_medium=badge&utm_campaign=pr-badge&utm_content=badge](https://gitter.im/kwikteam/phy](https://badges.gitter.im/Join%20Chat.svg)](https://gitter.im/kwikteam/phy?utm_source=badge&utm_medium=badge&utm_campaign=pr-badge&utm_content=badge){kind=link}