Zooniverse Panoptes项目的聚合代码。
panoptes-aggregation的Python项目详细描述
入门
这是为caesar和脱机使用而编写的外部减速机的集合。
文档
您可以在聚合代码的网站上找到latest documentation。
安装以供脱机使用
使用您自己的python安装(仅限python 3)
安装最新的稳定版本:
pip install panoptes_aggregation
或者对于开发或测试,您可以直接从github安装开发版本:
pip install -U git+git://github.com/zooniverse/aggregation-for-caesar.git
升级和现有安装:
pip install -U panoptes_aggregation
安装图形用户界面(gui)
如果要使用gui而不是命令行,请使用以下命令安装软件包:
pip install panoptes_aggregation[gui]Python建筑
如果您使用的是anaconda版本的python,那么在安装panoptes_aggregation
之前,应该使用conda
包管理器安装一些依赖项:
conda install -c conda-forge python-levenshtein hdbscan conda install -c ananconda wxpython psutil
Python建造
如果要使用python的anaconda构建在mac上安装此代码,并且希望使用gui而不是命令行,则必须更新panoptes_aggregation_gui
脚本中的一行代码。将第一行更改为:
#!/path/to/anaconda/python/bin/python
收件人:
#!/bin/bash /path/to/anaconda/python/bin/python.app
您可以使用以下命令查找此文件的位置:
which panoptes_aggregation_gui
您还需要运行:
conda install python.app
有Docker
https://docs.docker.com/get-started/
使用docker composehttps://docs.docker.com/compose/
docker-compose -f docker-compose.local_scripts.yml build local_scripts
从这个存储库的根目录中,使用docker映像运行所需的python脚本,例如config_workflow_panoptes --help
docker-compose -f docker-compose.local_scripts.yml run --rm local_scripts panoptes_aggregation --help
或直接通过Docker
docker build . -f Dockerfile.bin_cmds -t aggregation_for_caesar
从这个存储库的根目录中,使用docker映像运行所需的python脚本,例如panoptes_aggregation --help
docker run -it --rm --name config_workflow_panoptes -v "$PWD":/usr/src/aggregation aggregation_for_caesar panoptes_aggregation --help
注意图形用户界面在Docker容器中不工作。
安装以供在线使用
包含的docker文件已准备好部署到任何服务器上。一旦部署,提取器将在/extractors/<name of extractor function>
路由上可用,而还原器将在/reducers/<name of reducer function>
路由上可用。传递到这些函数中的任何关键字都应作为路由上的url参数包含(例如https://aggregation-caesar.zooniverse.org/extractors/point_extractor_by_frame?task=T0
)。对于更复杂的关键字(例如子任务的detals
),可以使用python的urllib.parse.urlencode将关键字列表转换为正确的url编码。
文档将在/docs
路径上生成并可用。
在Docker本地构建/运行应用程序
要运行本地版本,请使用:
docker-compose build docker-compose up
听localhost:5000
。
在Docker容器中运行测试
要运行测试,请使用:
docker-compose run --rm aggregation nosetests