Zooniverse Panoptes项目的聚合代码。

panoptes-aggregation的Python项目详细描述


DOICoverage Status

入门

这是为caesar和脱机使用而编写的外部减速机的集合。


文档

您可以在聚合代码的网站上找到latest documentation


安装以供脱机使用

使用您自己的python安装(仅限python 3)

安装最新的稳定版本:

pip install panoptes_aggregation

或者对于开发或测试,您可以直接从github安装开发版本:

pip install -U git+git://github.com/zooniverse/aggregation-for-caesar.git

升级和现有安装:

pip install -U panoptes_aggregation

安装图形用户界面(gui)

如果要使用gui而不是命令行,请使用以下命令安装软件包:

pip install panoptes_aggregation[gui]
Python建筑

如果您使用的是anaconda版本的python,那么在安装panoptes_aggregation之前,应该使用conda包管理器安装一些依赖项:

conda install -c conda-forge python-levenshtein hdbscan
conda install -c ananconda wxpython psutil

Python建造

如果要使用python的anaconda构建在mac上安装此代码,并且希望使用gui而不是命令行,则必须更新panoptes_aggregation_gui脚本中的一行代码。将第一行更改为:

#!/path/to/anaconda/python/bin/python

收件人:

#!/bin/bash /path/to/anaconda/python/bin/python.app

您可以使用以下命令查找此文件的位置:

which panoptes_aggregation_gui

您还需要运行:

conda install python.app

有Docker

https://docs.docker.com/get-started/

使用docker composehttps://docs.docker.com/compose/

docker-compose -f docker-compose.local_scripts.yml build local_scripts

从这个存储库的根目录中,使用docker映像运行所需的python脚本,例如config_workflow_panoptes --help

docker-compose -f docker-compose.local_scripts.yml run --rm local_scripts panoptes_aggregation --help

或直接通过Docker

docker build . -f Dockerfile.bin_cmds -t aggregation_for_caesar

从这个存储库的根目录中,使用docker映像运行所需的python脚本,例如panoptes_aggregation --help

docker run -it --rm --name config_workflow_panoptes -v "$PWD":/usr/src/aggregation aggregation_for_caesar panoptes_aggregation --help

注意图形用户界面在Docker容器中不工作。


安装以供在线使用

包含的docker文件已准备好部署到任何服务器上。一旦部署,提取器将在/extractors/<name of extractor function>路由上可用,而还原器将在/reducers/<name of reducer function>路由上可用。传递到这些函数中的任何关键字都应作为路由上的url参数包含(例如https://aggregation-caesar.zooniverse.org/extractors/point_extractor_by_frame?task=T0)。对于更复杂的关键字(例如子任务的detals),可以使用python的urllib.parse.urlencode将关键字列表转换为正确的url编码。

文档将在/docs路径上生成并可用。

在Docker本地构建/运行应用程序

要运行本地版本,请使用:

docker-compose build
docker-compose up

localhost:5000

在Docker容器中运行测试

要运行测试,请使用:

docker-compose run --rm aggregation nosetests

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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