用于分析组学实验。
omicexperiment的Python项目详细描述
omicexperiment包是一个开源的、bsd许可的python 3 “omic实验”数据框架分析包，基于 Python科学堆栈的坚实基础。
omicexperiment包的目标是为 rapid交互式环境中的“omic实验”分析。
生物信息学界已经提供了类似的 类似功能的实现。示例包括DESeqDataSet （来自包DeSeq2），MRExperiment（来自包 MetagenomeSeq），PhyloSeq类（来自软件包PhyloSeq）。给我的 知识，没有类似的强大功能可用 python的用户。
这个包的哲学是建立在坚实的基础之上的。 python科学堆栈并尝试不重新发明轮子。包装 例如numpy和pandas是处理 分别使用矩阵和表格数据。因此，这个包的后端 几乎全部由pandas数据帧和pandas api组成示例代码
from omicexperiment.experiment.microbiome import MicrobiomeExperiment
from omicexperiment.filters import Sample, Taxonomy
mapping = "example_map.tsv"
biom = "example_fungal.biom"
tax = "blast_tax_assignments.txt"
#our Experiment object
exp = MicrobiomeExperiment(biom, mapping,tax)
#include only samples with more than 90000 counts
exp.filter(Sample.count > 90000)
##collapse the OTUs in the _data_ DataFrame to genus level assignment
exp.filter(Taxonomy.groupby('genus')) #any taxonomic rank can be passed
安装
只需克隆git存储库。希望很快，包裹会 被上传到PYPI并且可以安装PIP。
由于在setuptools中处理numpy安装时存在错误，因此 首先使用“pip install numpy”安装numpy。
依赖关系
当前omicexperiment依赖项：
- 努比
- scipy
- 熊猫
- SCIKIT生物
- 生物模型格式
- lxml
- 皮加尔
许可证
这个包是以开源的形式发布的，使用bsd许可证。请看 正在复制.txt。
文件
请查看包中的doc文件夹 （https://github.com/bassio/omicexperiment/tree/master/doc），它包含 Jupyter笔记本能让你浏览当前大多数软件包 功能。
致谢
感谢所有伟大的python生物信息学和数据科学 以开源方式发布代码的社区。
在您的研究中贡献和使用
请注意，在这个阶段，这个包仍然是alpha 软件测试仍然没有实现，所以要小心但如果你是 有兴趣参与此项目，请联系。贡献者 欢迎改进软件。现在，我希望这个包裹 继续缓慢增长，因为我添加了功能和改进 因为我在自己的研究中需要它我将首先关注 微生物实验部分的开发。
0.1.2-偏差
- 专用于安装PyPI安装的开发版本（S）。
0.1.1
- 初始版本
欢迎加入QQ群-->： 979659372
