用于以zarr格式导出图像的插件。
omero-cli-zarr的Python项目详细描述
OMERO CLI Zarr插件
这个OMERO命令行插件允许您导出图像和图版 从OMERO作为zarr文件，根据 https://github.com/ome/omero-ms-zarr/blob/master/spec.md 以及与图像相关联的遮罩。在
图像是形状的5D数组（t，c，z，y，x）。 板块是板块/行/列/场（图像）的层次结构。 掩模是可以存在于图像的多个平面上的二维位掩码。 在ome zarr中，多组掩码被收集到“标签”中。在
它支持使用两种替代方法导出：
- 默认情况下，omeroapi用于将平面作为numpy数组加载 而zarr文件就是根据这些数据创建的。NB：目前，大型 此方法不支持平铺图像。在
- 或者，如果您可以直接从OMERO二进制文件读取 存储库并已安装https://github.com/glencoesoftware/bioformats2raw 然后你可以用它来创建zarr文件。在
用法
图像和图版
要通过OMERO API导出图像或图版：
# Image will be saved in current directory as 1.zarr $ omero zarr export Image:1 # Plate will be saved in current directory as 2.zarr $ omero zarr export Plate:2 # Specify an output directory $ omero zarr --output /home/user/zarr_files export Image:1 # Cache each plane as a numpy file.npy. If connection is lost, and you need # to export again, we can use these instead of downloading again # omero zarr --cache_numpy export Image:1
要通过bioformats2raw导出图像，我们使用`--bf`标志：
^{pr2}$掩码
要导出图像或图版的遮罩，请执行以下操作：
# Saved under 1.zarr/labels/0 - 1.zarr/ must already exist $ omero zarr masks Image:1 # Labels saved under each image. e.g 2.zarr/A/1/0/labels/0 # Plate should already be exported $ omero zarr masks Plate:2 # Saved under zarr_files/1.zarr/labels/0 $ omero zarr --output /home/user/zarr_files masks Image:1 # Specify the label-name. (default is '0') # e.g. Export to 1.zarr/labels/A $ omero zarr masks Image:1 --label-name=A
默认行为是将图像上的所有遮罩导出到单个5D “标记”zarr数组，每个掩码形状有不同的值。 如果任何掩码重叠，将引发异常。在
要处理重叠的掩码，请将掩码拆分为不重叠的zarr组 使用一个“标签映射”，它是一个csv文件，它指定 图像上每个ROI的zarr组。列为ID、NAME、ROI\u ID
例如，要从每个形状的textValue创建一个组， 您可以使用以下命令：
omero hql --style=plain "select distinct s.textValue, s.roi.id from Shape s where s.roi.image.id = 5514375" --limit=-1 | tee 5514375.rois
这将创建一个文件5514375。rois如下所示：
0,Cell,1369132 1,Cell,1369134 2,Cell,1369136 ... 40,Chromosomes,1369131 41,Chromosomes,1369133 42,Chromosomes,1369135 ...
这将在5514375下产生细胞和染色体的zarr群
$ omero zarr masks Image:5514375 --label-map=5514375.rois
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