nucdiff定位和分类两个密切相关的核苷酸序列之间的差异。
NucDiff的Python项目详细描述
#nucdiff手册它能够处理非常零碎的基因组、结构重排和各种局部差异。这些特性使得nucdiff非常适合相互比较程序集或与可用的参考基因组进行比较。
nucdiff提供有关差异类型及其位置的信息。可以将结果上传到基因组浏览器中进行可视化和进一步检查。它是用python编写的，使用mummer[1]中的numer包进行序列比较。
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2个先决条件
nucdiff可以在Linux和Mac操作系统上运行。它使用Python2.7、MummerV3.23和Biopython包。在运行nucdiff之前，mummer和biopython包应该安装在路径中。
mummer tarball可在http://sourceforge.net/projects/mummer/下载。
biopython包可在http://biopython.org/wiki/download下载。
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3运行nucdiff
3.1命令行语法和输入参数
以运行nucdiff，使用有效的输入参数运行"nucdiff.py"脚本：
```
$python nucdiff.py[-h][--reloc_dist[int]]
[--nucmer_opt[nummer_opt]
[--filter_opt[filter_opt]
[--delta_file[delta_file]
[--proc[int]
[--ref_name_full[{yes，no}]]
[--query_name_full[{yes，no}]]
[--vcf[{yes，无}]
[--version]
reference.fasta query.fasta output_dir prefix
````
positional参数：
**reference.fasta**-具有引用序列的fasta文件
**query.fasta**-具有查询的fasta文件sequences
**output_dir**-存储所有中间和最终结果的目录路径
**prefix**-将添加到所有生成文件（包括由numer创建的文件）的名称
--帮助**-显示此帮助消息并退出
**--reloc_dist**-两个重新定位的块之间的最小距离[10000]
**--numer_opt**-nummer run options。默认情况下，numer将使用其默认参数值运行，但--maxmatch参数除外。--maxmatch是硬编码的，不能更改。若要更改任何其他参数值，请在单引号或双引号内键入参数名称和新值。
**--filter_opt**-delta filter run options。默认情况下，它将仅与-q参数一起运行。-q是硬编码的，不能更改。要添加任何其他参数值，在单引号或双引号内键入参数名称及其值。
**--delta_file**-已存在的delta文件（numer输出文件）的路径
**--proc**-要使用的进程数[1]
**--ref_name_full**-打印输出文件中的完整引用名称（"是"价值）。如果"否"，则忽略第一个空格后的所有内容。['no']
**--query_name_full**-在输出文件中打印完整的查询名称（"yes"值）。如果"否"，则忽略第一个空格后的所有内容。['no']
**--vcf[{yes，no}]**-以vcf格式输出中小型本地差异['no']
**--version**-显示程序的版本号并退出
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3.2运行示例
具有nucdiff和nucmer预定义参数值的运行示例，nucmer—maxmatch参数和delta filter-q参数除外。--maxmatch是硬编码的，不能更改为-mum或-mumreference。-q也是硬编码的，不能改为-g或-r：
````
$python n nucdiff.py my_reference.fasta my_query.fasta my_output_dir my_prefix
````
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````
$python nucdiff.py--proc 5--ref_name_full yes--query_name full yes--nummer opt'-c 200-l 250'我的电脑参考.fasta我的电脑查询.fasta我的电脑输出目录我的电脑前缀
````
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有关所有可能的nummer和delta过滤器参数以及.delta和.coord输出文件的详细说明，请参见mummer手册http://mumer.sourceforge.net/manual/。
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4方法概述
4.1 nucdiff步骤
nucdiff工作流如图1所示。所有步骤的详细说明见[2]。
！[]图1:NUCDIFF工作流
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4.2差异类型
所有差异分为3组：全局、局部和结构（图2）。
！[]（figures_readme/types_of_differences.png）
在[2]和githhub wiki（https://github.com/uio-cels/nucdiff/wiki）中可以找到不同之处。
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5。nucdiff output
nucdiff将其输出放在`<；output_dir>；/results`目录中。输出包含9个文件：
*&lsaquo；prefix&rsaquo；\u ref&u snps.gff
*&lsaquo；prefix&rsaquo；\u ref&u struct.gff
*&lsaquo；prefix&rsaquo；&u ref&u blocks.gff
*&lsaquo；prefix&rsaquo；&u ref&snps.vcf
*&lsaquo；prefix&rsaquo；_查询"snps.gff
*&lsaquo；前缀&rsaquo；\u查询结构.gff
*&lsaquo；前缀&rsaquo；&u查询块.gff
*&lsaquo；前缀&rsaquo；&u查询snps.vcf
*&lsaquo；前缀&rsaquo；_ stat.out
所有输出文件的详细说明可以在githhub wiki（https://githhub.com/uio-cels/nucdiff/wiki）中找到。
分别为https://github.com/the-sequence-ontology/specifications/blob/master/gff3.md和https://samtools.github.io/hts-specs/vcfv4.2.pdf。
6.引用nucdiff
nucdiff：两组dna序列差异的深入表征和注释。生物信息学。2017年；18（1）：338。doi:10.1186/s12859-017-1748-z.
<；br>；
\references
[1]kurtz s等人。用于比较大型基因组的通用开放软件。基因组生物学。2004；5（2）：r12。doi 10.1186/gb-2004-5-2-r12.
[2]khelik等人。nucdiff：两组dna序列差异的深入表征和注释。生物信息学。2017年；18（1）：338。doi:10.1186/s12859-017-1748-z。
nucdiff提供有关差异类型及其位置的信息。可以将结果上传到基因组浏览器中进行可视化和进一步检查。它是用python编写的，使用mummer[1]中的numer包进行序列比较。
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2个先决条件
nucdiff可以在Linux和Mac操作系统上运行。它使用Python2.7、MummerV3.23和Biopython包。在运行nucdiff之前，mummer和biopython包应该安装在路径中。
mummer tarball可在http://sourceforge.net/projects/mummer/下载。
biopython包可在http://biopython.org/wiki/download下载。
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3运行nucdiff
3.1命令行语法和输入参数
以运行nucdiff，使用有效的输入参数运行"nucdiff.py"脚本：
```
$python nucdiff.py[-h][--reloc_dist[int]]
[--nucmer_opt[nummer_opt]
[--filter_opt[filter_opt]
[--delta_file[delta_file]
[--proc[int]
[--ref_name_full[{yes，no}]]
[--query_name_full[{yes，no}]]
[--vcf[{yes，无}]
[--version]
reference.fasta query.fasta output_dir prefix
````
positional参数：
**reference.fasta**-具有引用序列的fasta文件
**query.fasta**-具有查询的fasta文件sequences
**output_dir**-存储所有中间和最终结果的目录路径
**prefix**-将添加到所有生成文件（包括由numer创建的文件）的名称
--帮助**-显示此帮助消息并退出
**--reloc_dist**-两个重新定位的块之间的最小距离[10000]
**--numer_opt**-nummer run options。默认情况下，numer将使用其默认参数值运行，但--maxmatch参数除外。--maxmatch是硬编码的，不能更改。若要更改任何其他参数值，请在单引号或双引号内键入参数名称和新值。
**--filter_opt**-delta filter run options。默认情况下，它将仅与-q参数一起运行。-q是硬编码的，不能更改。要添加任何其他参数值，在单引号或双引号内键入参数名称及其值。
**--delta_file**-已存在的delta文件（numer输出文件）的路径
**--proc**-要使用的进程数[1]
**--ref_name_full**-打印输出文件中的完整引用名称（"是"价值）。如果"否"，则忽略第一个空格后的所有内容。['no']
**--query_name_full**-在输出文件中打印完整的查询名称（"yes"值）。如果"否"，则忽略第一个空格后的所有内容。['no']
**--vcf[{yes，no}]**-以vcf格式输出中小型本地差异['no']
**--version**-显示程序的版本号并退出
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3.2运行示例
具有nucdiff和nucmer预定义参数值的运行示例，nucmer—maxmatch参数和delta filter-q参数除外。--maxmatch是硬编码的，不能更改为-mum或-mumreference。-q也是硬编码的，不能改为-g或-r：
````
$python n nucdiff.py my_reference.fasta my_query.fasta my_output_dir my_prefix
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$python nucdiff.py--proc 5--ref_name_full yes--query_name full yes--nummer opt'-c 200-l 250'我的电脑参考.fasta我的电脑查询.fasta我的电脑输出目录我的电脑前缀
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有关所有可能的nummer和delta过滤器参数以及.delta和.coord输出文件的详细说明，请参见mummer手册http://mumer.sourceforge.net/manual/。
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4方法概述
4.1 nucdiff步骤
nucdiff工作流如图1所示。所有步骤的详细说明见[2]。
！[]图1:NUCDIFF工作流
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4.2差异类型
所有差异分为3组：全局、局部和结构（图2）。
！[]（figures_readme/types_of_differences.png）
在[2]和githhub wiki（https://github.com/uio-cels/nucdiff/wiki）中可以找到不同之处。
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5。nucdiff output
nucdiff将其输出放在`<；output_dir>；/results`目录中。输出包含9个文件：
*&lsaquo；prefix&rsaquo；\u ref&u snps.gff
*&lsaquo；prefix&rsaquo；\u ref&u struct.gff
*&lsaquo；prefix&rsaquo；&u ref&u blocks.gff
*&lsaquo；prefix&rsaquo；&u ref&snps.vcf
*&lsaquo；prefix&rsaquo；_查询"snps.gff
*&lsaquo；前缀&rsaquo；\u查询结构.gff
*&lsaquo；前缀&rsaquo；&u查询块.gff
*&lsaquo；前缀&rsaquo；&u查询snps.vcf
*&lsaquo；前缀&rsaquo；_ stat.out
所有输出文件的详细说明可以在githhub wiki（https://githhub.com/uio-cels/nucdiff/wiki）中找到。
分别为https://github.com/the-sequence-ontology/specifications/blob/master/gff3.md和https://samtools.github.io/hts-specs/vcfv4.2.pdf。
6.引用nucdiff
nucdiff：两组dna序列差异的深入表征和注释。生物信息学。2017年；18（1）：338。doi:10.1186/s12859-017-1748-z.
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\references
[1]kurtz s等人。用于比较大型基因组的通用开放软件。基因组生物学。2004；5（2）：r12。doi 10.1186/gb-2004-5-2-r12.
[2]khelik等人。nucdiff：两组dna序列差异的深入表征和注释。生物信息学。2017年；18（1）：338。doi:10.1186/s12859-017-1748-z。
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