neo是一个用python表示电生理数据的包,同时支持读取各种神经生理文件格式
neo的Python项目详细描述
neo是一个python包,用于一起使用python中的电生理数据 支持阅读广泛的神经生理学文件格式,包括 Spike2、NeuroExplorer、AlphaOmega、Axon、Blackrock、Plexon、TDT和支持 写入这些格式的子集以及包括hdf5在内的非专有格式。
neo的目标是改进python工具之间的互操作性 通过提供一个通用的 共享对象模型。为了尽可能轻量化依赖项, neo被故意限制在数据的表示上,没有数据的函数 分析或可视化。
Neo被许多其他软件工具使用,包括 SpykeViewer(数据分析和可视化),Elephant(数据分析), G-node套件(数据库)、PyNN(模拟)、tridesclous(峰值排序) 以及ephyviewer(数据可视化)。 OpenElectrophy(数据分析和可视化)使用了旧版本的neo。
neo实现了一个很好地适应细胞内和 支持多电极的细胞外电生理和脑电数据 (例如铁棒)。Neo的数据对象建立在Quantities包的基础上, 它又通过增加对物理维度的支持而建立在numpy之上。因此 neo对象的行为和普通的numpy数组一样,但是有了额外的元数据, 检查尺寸一致性和自动单位转换。
一个有着相似目标但用于神经成像文件格式的项目是NiBabel。
更多信息
- 主页:http://neuralensemble.org/neo
- 邮件列表:https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!forum/neuralensemble
- 文档:http://neo.readthedocs.io/
- 错误报告:https://github.com/NeuralEnsemble/python-neo/issues
有关安装说明,请参见doc/source/install.rst
要在出版物中引用neo,请参见引文.txt
copyright: | Copyright 2010-2018 by the Neo team, see doc/source/authors.rst. |
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