genbank文件分析器。

nebgb的Python项目详细描述


用法:

>>> import nebgb
>>> rec = nebgb.parse_file("./test/data/simple-1.gb").next()
>>> rec.locus["name"]
'NP_034640'
>>> rec.locus["length"]
182
>>> rec.keywords["source"]["name"]
'house mouse'
>>> rec.features[1]["properties"]["product"]
'interferon beta, fibroblast'
>>> for seq in rec.seqiter:
...    print seq
mnnrwilhaafllcfsttalsinykqlqlqertnirkcqelleqlngkinltyradfkip
memtekmqksytafaiqemlqnvflvfrnnfsstgwnetivvrlldelhqqtvflktvle
ekqeerltwemsstalhlksyywrvqrylklmkynsyawmvvraeifrnfliirrltrnf
qn

或者,您可以使用nebgb.parse()解析生成genbank文件行的字符串或迭代器。

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