python中匹配模式间的文本提取 我是python新手,想尝试在制表符分隔的文本文件(mydata)的每一行中的匹配模式之间提取文本 你知道吗我的数据.txt地址: Sequence ...2024-06-02 已阅读: n次
在python中解析文件和修改字符串我有一个基因库文件.gbk,我想从中提取某些基因。我的问题是: 为了处理文件,每个轨迹的头文件必须采用特定的格式,并且它不在我的文件中。我想解析文件并替换标题,如下所示: LOCUS NO ...2024-06-02 已阅读: n次
python if和if not命令usag#!/usr/bin/python import os import re path=os.getcwd() list_dir=os.listdir(path+'//Osativa') if not ...2024-06-02 已阅读: n次
设计这个类的最佳方法 上下文:大家好,请看这个问题。我是一名初级python程序员(两周内表现出色!)我相信我最初设计的课程很糟糕,我正在寻求帮助,寻找一个好的方法来重新设计基础课程(在Locus.py中) 背景:到目前 ...2024-06-02 已阅读: n次
在python中将重复文件分解为类实例我第一次决定使用Python中的一些类,我认为这是一个实际受益于它们的任务示例 我正试图从生物信息学工具解析输出文本文件,但我不确定最好的方法是什么 该文件包含几个不同的数据“部分”,我想收集所有这些 ...2024-06-02 已阅读: n次
Python没有打印我的正则表达式结果(或任何东西)?我试图提取文本文件第一行中出现的第一个数字。我是个笨蛋,所以我在玩regex。我的问题是什么都没有打印,所以我不确定是我的代码还是别的什么 我也尝试过打印我的文件名,但也没有任何结果,所以我不确定到底 ...2024-06-02 已阅读: n次
Pandas read\u html只查找html选项卡的标题我有这张桌子: 我用熊猫来解析它: s = '<table id="datatable"><tr><th onclick="sortTable(0)">Gene ...2024-06-02 已阅读: n次
如何有条件地替换子列表中的项。我正在尝试生成一个列表中的列表。如果有一个子列表元素更大,我将遍历一个文件来更新列表。我写了这样的代码: targets = open(file) longest_UTR = [] for lin ...2024-06-02 已阅读: n次
Python中的RegEx不返回匹配项我试图从文件中提取某些行,如果它们符合某些条件。具体来说,列[3]需要以Chr3:开头,列[13]需要是“yes”。你知道吗 以下是与条件匹配和不匹配的行的示例: XLOC_004170 XLO ...2024-06-02 已阅读: n次
如何从文件中提取行如果最后一列!=0使用python、bash或awk?我有一个像这样的大文本文件: #RefName Pos Coverage lcl|LGDX01000053.1_cds_KOV95322.1_1 [locus_tag=ADL02_09560] ...2024-06-02 已阅读: n次
将单元格值转换为Pandas中的列名我有以下数据帧(它是一个gff文件): df = pd.DataFrame.from_dict({'scaffold name': {0: 'Tname16C00001.1', 1: 'Tname ...2024-06-02 已阅读: n次
如何搜索列表中某一组项目是否存在?我正在遍历一个文件,并试图确定是否在我创建的一个空列表中找到了一组特定的3项(来自该文件);如果没有,我想附加它们。如果它们已经出现,我想跳过它们 但是,当我运行以下代码时: from pprint ...2024-06-02 已阅读: n次
nebgb用法: >>> import nebgb >>> rec = nebgb.parse_file("./test/data/simple-1.gb").next() ...2024-06-02 已阅读: n次
multi-locus-analysis 分析多个位点(扩散)的实用程序集合。 围绕pandas数据框架设计的简单接口允许计算 对每个实验或跨实验都很容易执行。 许多关于聚合物扩散的分析结果包括 比较。 用法 此软件包可以通过PIP安装 ...2024-06-02 已阅读: n次