napa 1.3

蛋白质适应的网络分析

napa软件包进行蛋白质内残留协同进化网络的构建和分析。

软件包支持两种输入类型：

1. 同源蛋白质序列（功能相关）的fasta比对
2. （功能相关的）同源蛋白质序列和 系统发育树集成（newick格式的树）

NAPA产生以下输出：

1. 突变对网络（无向仅用于比对，有向/无向用于系统发育集成）
2. 网络分析-网络社区、网络节点中心、网络路径中心

文档

请参阅github上的documentation以获取完整的使用详细信息。

安装

使用PIP安装NAPA软件包：

$ pip install napa

napa依赖于其他几个包，如果它们是由pip自动安装的 尚未安装。

必需的包：

• 努比
• scipy
• 作业库
• 网络x
• ETE2
• 皮亚姆

注意pip scipy安装有时可能会有问题。如果是这样的话，安装scipy的替代方法可能更好。有关详细信息，请参见scipyinstall。然后重新运行pip install napa。