一个python命令行工具，用于解析和转换Uktübingen分子肿瘤委员会的诊断变量数据。
mtbconverter的Python项目详细描述
mtbconverter
==br/>
|语言图像：：https://img.shields.io/github/languages/top/qbicsoftware/qbic.mtbconverter.svg
…|特拉维斯图片：https://travis-ci.org/qbicsoftware/qbic.mtbconverter.svg？branch=master
：目标：https://travis ci.org/qbicsoftware/qbic.mtbconverter
。| codecov图像：：https://codecov.io/gh/qbicsoftware/qbic.mtbconverter/branch/master/graph/badge.svg
：目标：https://codecov.io/gh/qbicsoftware/qbic.mtbconverter
。| ghtag图像：：https://img.shields.io/github/release/qbicsoftware/qbic.mtbconverter/all.svg
：目标：https://github.com/qbicsoftware/qbic.mtbconverter/releases
。| pypi图像：：https://img.shields.io/pypi/v/mtbconverter.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/mtbconverter
…|许可证图像：：https://img.shields.io/github/license/qbicsoftware/qbic.mtbconverter.svg
……目录：目录：深度：2
代码块：：bash
mtbconverter版本0.1
用法：mtbconverter.py[-h][command]
command:
convert将变量信息转换为centraxx xml。
push将一个或多个xml文件推送到centraxx。
目录生成Centrax目录XML文件。
mtbconverter当前支持三个命令：``convert，push``和``catalogue``。
convert
~~~~~~~~~
``convert`命令告诉mtbconverter从给定的ZIP存档解析必要的MTB信息。存档需要包含几个tsv文件。它们遵循"mtbparser"模块中描述的格式规范和命名约定，该模块在mtbconverter中实现。_规范：https://github.com/qbicsoftware/qbic.mtbparser/blob/master/readme.md
…代码块：：bash
mtbconverter 0.1版。
用法：convert[-h]archive patientid
tid a qbic patient id.
例如，使用"mtbconverter push"命令。
**存档格式规范**
zip存档名称需要带有qbic条形码，并且存档中的所有文件中都需要存在相同的条形码。这只是为了确保这些文件确实属于同一个示例。编码块：bash
>档案名称：
<；qbic条码>；
>档案内容：
<；qbic条码>；<；qbic条码>；
<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；>；<；qbic条码>；>；>；<；qbic条码>；>；>；<；qbic QBIC学士rcode>；_soncal_sv.tsv
<；qbic barcode>；_metadata.tsv
信息编码在六个tsv文件中，遵循"mtbparser"库中详细描述的规范。
push
~~~~
"push"命令允许将centraxx患者xml导入通过Centrax的rest api的Centrax系统。有了`-h``标志，您将获得参数的概述：
…代码块：：bash
mtbconverter 0.1版。
用法：push[-h][-c config][-t][--check]patientdata
ntdata从包含变量
信息的mtb zip存档转换的xml文件。
（默认值：/etc/centraxx.config）
-t，--测试导入到centraxx测试系统。
--检查到centraxx的连接。
``mtbconverter``尝试在默认情况下分析`/etc/centraxx.config``中的配置文件，但也可以通过``-c``选项指定另一个路径。
**centraxx配置n文件**
配置文件包含有关Centrax服务器位置和身份验证数据的信息。示例配置文件应类似如下：
…代码块：：bash
[centraxx_test]
authuser=myuser
password=mypassword
serveraddr=127.0.0.1:443
protocol=https
infopath=%（protocol）s://%（serveraddr）s/centraxx/rest/info
[centraxx]
authuser=myuser
password=mypassword
serveraddr=x x x.x.xxx.xxx:xxxx
protocol=https
infopath=%（protocol）s://%（serveraddr）s/centraxx/rest/info
``部分是配置的部分。`` mtbconverter``目前支持"centraxx"和"centraxx_测试"。如果指定"centraxx_test"部分，则可以使用`-t``选项标记对目标测试系统执行操作。
如果为``infopath``关键字提供有效路径，则可以通过提供``--check``选项标记轻松检查到centraxx的连接。如果目标服务器不可访问，您将得到超时响应，或者您将看到带有消息的返回代码。
catalogue
~每次规范更改时，只需执行一次此操作，这样Centrax就知道如何连接导入的数据。
mtbconverter在执行"catalogue"之后将创建8个XML文件：
1。cv_centraxx.xml:centraxx的受控vobaculary。
2.params_centraxx.xml：centraxx的参数和预期的数据类型。
3。ssnv_profiles_centraxx.xml：体细胞snv的配置文件。
4。scnv_profiles_centraxx.xml：体细胞CNV的配置文件。
5。gsnv_profiles_centraxx.xml：germline snvs的配置文件
6。gcnv_profiles_centraxx.xml：germline cnvs的配置文件。
7。sv_profiles_centraxx.xml：体细胞结构变体的轮廓。
8。元数据配置文件：元数据配置文件，包含诊断信息。
changelog
--
在此处查找"mtbconverter"的所有版本更改
2018-02-07:v0.1.1
~~~~~~~~~~~~
小错误修复，添加入口点，因此mtbconverter可以用作命令行工具
2018-02-06:v0.1
~~~~~~~~~
首次正式发布，尚未支持Centrax的所有所需推送选项，但即将发布！
作者
----
此代码由图宾根大学qbic的sven fillinger提供。
_库：https://github.com/qbicsoftware/qbic.mtbparser/blob/master/readme.md
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|语言图像：：https://img.shields.io/github/languages/top/qbicsoftware/qbic.mtbconverter.svg
…|特拉维斯图片：https://travis-ci.org/qbicsoftware/qbic.mtbconverter.svg？branch=master
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：目标：https://github.com/qbicsoftware/qbic.mtbconverter/releases
。| pypi图像：：https://img.shields.io/pypi/v/mtbconverter.svg
：目标：https://pypi.python.org/pypi/mtbconverter
…|许可证图像：：https://img.shields.io/github/license/qbicsoftware/qbic.mtbconverter.svg
……目录：目录：深度：2
代码块：：bash
mtbconverter版本0.1
用法：mtbconverter.py[-h][command]
command:
convert将变量信息转换为centraxx xml。
push将一个或多个xml文件推送到centraxx。
目录生成Centrax目录XML文件。
mtbconverter当前支持三个命令：``convert，push``和``catalogue``。
convert
~~~~~~~~~
``convert`命令告诉mtbconverter从给定的ZIP存档解析必要的MTB信息。存档需要包含几个tsv文件。它们遵循"mtbparser"模块中描述的格式规范和命名约定，该模块在mtbconverter中实现。_规范：https://github.com/qbicsoftware/qbic.mtbparser/blob/master/readme.md
…代码块：：bash
mtbconverter 0.1版。
用法：convert[-h]archive patientid
tid a qbic patient id.
例如，使用"mtbconverter push"命令。
**存档格式规范**
zip存档名称需要带有qbic条形码，并且存档中的所有文件中都需要存在相同的条形码。这只是为了确保这些文件确实属于同一个示例。编码块：bash
>档案名称：
<；qbic条码>；
>档案内容：
<；qbic条码>；<；qbic条码>；
<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；<；qbic条码>；>；<；qbic条码>；>；>；<；qbic条码>；>；>；<；qbic QBIC学士rcode>；_soncal_sv.tsv
<；qbic barcode>；_metadata.tsv
信息编码在六个tsv文件中，遵循"mtbparser"库中详细描述的规范。
push
~~~~
"push"命令允许将centraxx患者xml导入通过Centrax的rest api的Centrax系统。有了`-h``标志，您将获得参数的概述：
…代码块：：bash
mtbconverter 0.1版。
用法：push[-h][-c config][-t][--check]patientdata
ntdata从包含变量
信息的mtb zip存档转换的xml文件。
（默认值：/etc/centraxx.config）
-t，--测试导入到centraxx测试系统。
--检查到centraxx的连接。
``mtbconverter``尝试在默认情况下分析`/etc/centraxx.config``中的配置文件，但也可以通过``-c``选项指定另一个路径。
**centraxx配置n文件**
配置文件包含有关Centrax服务器位置和身份验证数据的信息。示例配置文件应类似如下：
…代码块：：bash
[centraxx_test]
authuser=myuser
password=mypassword
serveraddr=127.0.0.1:443
protocol=https
infopath=%（protocol）s://%（serveraddr）s/centraxx/rest/info
[centraxx]
authuser=myuser
password=mypassword
serveraddr=x x x.x.xxx.xxx:xxxx
protocol=https
infopath=%（protocol）s://%（serveraddr）s/centraxx/rest/info
``部分是配置的部分。`` mtbconverter``目前支持"centraxx"和"centraxx_测试"。如果指定"centraxx_test"部分，则可以使用`-t``选项标记对目标测试系统执行操作。
如果为``infopath``关键字提供有效路径，则可以通过提供``--check``选项标记轻松检查到centraxx的连接。如果目标服务器不可访问，您将得到超时响应，或者您将看到带有消息的返回代码。
catalogue
~每次规范更改时，只需执行一次此操作，这样Centrax就知道如何连接导入的数据。
mtbconverter在执行"catalogue"之后将创建8个XML文件：
1。cv_centraxx.xml:centraxx的受控vobaculary。
2.params_centraxx.xml：centraxx的参数和预期的数据类型。
3。ssnv_profiles_centraxx.xml：体细胞snv的配置文件。
4。scnv_profiles_centraxx.xml：体细胞CNV的配置文件。
5。gsnv_profiles_centraxx.xml：germline snvs的配置文件
6。gcnv_profiles_centraxx.xml：germline cnvs的配置文件。
7。sv_profiles_centraxx.xml：体细胞结构变体的轮廓。
8。元数据配置文件：元数据配置文件，包含诊断信息。
changelog
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在此处查找"mtbconverter"的所有版本更改
2018-02-07:v0.1.1
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小错误修复，添加入口点，因此mtbconverter可以用作命令行工具
2018-02-06:v0.1
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首次正式发布，尚未支持Centrax的所有所需推送选项，但即将发布！
作者
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此代码由图宾根大学qbic的sven fillinger提供。
_库：https://github.com/qbicsoftware/qbic.mtbparser/blob/master/readme.md
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