mrbles解码分析包
mrbles的Python项目详细描述
mrbles项目
mrbles（具有比率条形码镧系元素编码的微球）依赖于 在整个实验中跟踪分析物的光谱复用。在这些 分析，我们可以创建包含1000个独特比例的 镧系纳米荧光粉，可单独通过成像进行唯一识别。 我们目前正在开发新的分析方法，利用这些微球 了解信号蛋白如何识别其肽底物 提高我们从单个细胞中提取信息的能力。
abstract on mrbles and the mrbles 包
多重生物测定法，即在一个小体积内同时探测多个感兴趣的分析物，大大加快了生物发现的步伐。基于微珠的多重生物测定具有许多技术优势，包括近溶液相动力学、小样品体积要求、许多分析内重复以减少测量误差，以及对于一些微珠材料，通过固相合成法直接在微珠上合成分析物的能力。论文。为了允许基于珠的多路复用，分析物可以在光谱编码的珠上合成，分析物身份和嵌入代码之间有1:1的链接。然后，珠状结合分析物库可与荧光标记的感兴趣大分子混合和孵育，允许通过单独成像同时对大分子和所有分析物之间的相互作用进行下游量化。从这些图像中提取定量结合数据带来了一些计算图像处理的挑战，要求能够识别每个图像中的所有珠子，量化与每个珠子相关的结合荧光材料，并确定其嵌入的光谱代码，以显示分析物短裤。在这里，我们提出了一个新的开源python软件包（mrbles分析包），它提供了必要的工具：（1）在亮场显微镜图像中找到编码的珠子；（2）量化与珠子周长相关的结合荧光材料；（3）识别嵌入的比率规范。珠子内的tral代码；和（4）返回由嵌入代码和每个珠子聚合的数据。我们将其应用于分析通过多重测量钙调神经磷酸酶蛋白与含有已知和突变结合肽基序的mrbles（具有比率条形码镧系编码的微球）结合产生的数据，从而证明了该软件包的实用性。我们预计，这种灵活的包装应适用于各种各样的分析，包括简单的珠或液滴发现分析、与非编码珠结合的量化，以及使用比率测量、光谱编码珠的多重分析。
链接
出版物： https://journals.plos.org/plosone/article？id=10.1371/journal.pone.0203725
文档：https://fordycelab.github.io/mrbles/" rel="nofollow">https://fordycelab.github.io/mrbles/
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