使用python查询motivebroker JS microservice的包
motif-broker-request的Python项目详细描述
motif代理请求
测试中的示例/测试.py在
配置motif代理请求
importmotif_broker_request.requestasmb_requestmb_request.configure("http://localhost:5984")#Default is localhost:3282
您也可以更改散装长度
^{pr2}$请求motif代理
sgrnas=["AAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGG","TCCAAAAAAAAACAGTGGATTGG","CACTAAAAAAGAAGACCAAGCGG"]# sgRNAs you want to searchres=mb_request.get(sgrnas)print(res)
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使用某些筛选器请求motif代理
你可以写过滤函数。此函数必须将motif_broker结果作为参数，并以相同的格式返回过滤后的版本
只在结果中保留给定基因组的函数示例：
deffilter_genomes(mb_res,**kwargs):ifnot"genomes"inkwargs:raiseException("you must provide 'genomes' argument to get function for filter_genomes function")genomes=kwargs["genomes"]filtered_results={}forsgrnainmb_res:added=Falsefororginmb_res[sgrna]:iforgingenomes:ifadded:filtered_results[sgrna][org]=mb_res[sgrna][org]else:filtered_results[sgrna]={org:mb_res[sgrna][org]}returnfiltered_results
以这种方式应用以获得结果：
res=mb_request.get(sgrnas,filter_predicate=filter_genomes,genomes=["dd6cfb980c8a3659acffa4f002ea7404","dd6cfb980c8a3659acffa4f0029ff84a"])print(res)
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