用于分析和验证migrate-n内嵌加载的脚本
migverif的Python项目详细描述
简介
根据我们的经验,migrate-n在单形位点上不起作用。 migverify将遍历您的infile,并输出 infile_clean。
默认情况下,migverify将删除所有少于两个的轨迹 单倍型,将删除缺失超过10%样本的位点 数据。这些值可以更改。
安装
migverify是用python3编写的(需要>;=3.6版本)。可能是 与pip:一起安装
`pip3 install migverify`
要获取最新版本:
`pip3 install git+https://www.github.com/andersgs/migverify.git`
用法
安装将使名为run_migverify的脚本可用, 应该在您的PATH中。
您可以通过以下方式查看帮助:
`run_migverify --help`
以默认设置运行
`run_migverify infile`
筛选出少于3个单倍型
`run_migverify -m 3 infile`
筛选出缺失数据超过20%的样本的位点
`run_migverify -p 0.2 infile`