用于分析和验证migrate-n内嵌加载的脚本

migverif的Python项目详细描述


https://travis-ci.org/andersgs/migverify.svg?branch=master

简介

根据我们的经验,migrate-n在单形位点上不起作用。 migverify将遍历您的infile,并输出 infile_clean

默认情况下,migverify将删除所有少于两个的轨迹 单倍型,将删除缺失超过10%样本的位点 数据。这些值可以更改。

安装

migverify是用python3编写的(需要>;=3.6版本)。可能是 与pip:一起安装

`pip3 install migverify`

要获取最新版本:

`pip3 install git+https://www.github.com/andersgs/migverify.git`

用法

安装将使名为run_migverify的脚本可用, 应该在您的PATH中。

您可以通过以下方式查看帮助:

`run_migverify --help`

以默认设置运行

`run_migverify infile`

筛选出少于3个单倍型

`run_migverify -m 3 infile`

筛选出缺失数据超过20%的样本的位点

`run_migverify -p 0.2 infile`

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