组装基因组的质量控制
micomplete的Python项目详细描述
简介
随着基因组学数据,特别是亚基因组数据的产生速度的不断加快,需要对组装后的基因组进行更多更快的质量控制。越来越多的使用 元基因组组装基因组(mags)意味着经常使用不完整的基因组,如果研究人员知道这一点,这是可以接受的。因此软件有一个明确的用途 能够快速准确地提供描述感兴趣的基因组或基因组箱的质量和完整性的统计数据。
micomplete允许用户提供基因组列表或基因组箱,以检索有关给定基因组的一些基本统计数据(大小、gc含量、cds和contigs的总数,以及n-和l50、n-和l90)。一组标记基因 在hmm格式中,还可以检索每个基因组中这些标记的完整性和冗余性。此外,还可以为标记基因提供一组权重,以检索 完整性和冗余性的加权版本,可以向用户更多地告知实际状态的完整性(参见说明)。或者,用户可以计算任何给定集合的新权重 提供的标记基因。
micomplete仍处于开发状态,可能会遇到错误。通过Bitbucket的 发布系统
micomplete已在多个出版物中使用: