向HPC提交MD运行和PBS
MDRun的Python项目详细描述
mdrun
我已经开始开发这个python程序来为long classic生成适当的文件 分子动力学（md）运行在帝国理工大学hpc设施，使用琥珀md引擎（gpu版本）。
目标是使过程自动化，这样您就可以链接多个作业并直接获得每个作业的结果 给你的机器。不再手动编辑提交脚本、来回复制重新启动文件等。 需要在配置json文件中指定模拟的设置，然后使用 相互依赖。
也许这对其他人也有用，我认为这对其他的hpc设施应该是相当普遍的。
开始之前
您需要设置从本地计算机到hpc的passwordless ssh。 要测试它是否正常工作，您应该能够将scpa文件从hpc发送到本地计算机 不会提示输入密码。喜欢这样：
$ scp username@HPC-hostname:/home/username/test_file.txt . test_file.txt 100% 0 0.0KB/s 00:00
您还应该检查hpc集群中是否有rsync， 因为它是用来传输文件的（我认为在任何linux发行版中都应该有）。
使用jobsubmitter example命令创建示例输入文件。
- 自由软件：麻省理工学院许可证
- 文档：https://JobSubmitter.readthedocs.io。
功能
- 待办事项
学分
这个包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。
历史记录
0.1.0（2016-10-18）
- pypi上的第一个版本。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
