荧光素酶时间序列的分解、周期/相位预测和绘制
luctools的Python项目详细描述
luctools：分析生物钟荧光素酶时间序列
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luctools提供了一个工具集，用于绘制、绘制和计算基于荧光素酶的生物钟表达实验的周期和阶段。
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动机
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以及分析昼夜荧光素酶时间序列的再现性。
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——
——
——
——
——*绘制时间序列，并在重复之间计算平均值和CIs。
——
*分解衰变和基线的信号。
*计算和绘制周期和相位。
——
——
用法：从luctools import analyse读取数据和实验采样率（样本/小时）
`` python
[imagerelative]（data/test.png“undetrended”）
`` python
[imagerelative]（data/test2.png“detrendd”）
`` python
计算每个时间序列的周期
数据。get_periods（）
计算每个时间序列的阶段
数据。get_phases（）
绘制每个时间序列的周期与阶段
数据。gen_phase_plot（输出路径）
```
！[imagerelative]（data/test_phase_v_period.png“period_phase”）
有关数据格式的说明
luctools希望输入文件格式为逗号分隔格式。第一列应该索引观察结果。报头应该以任何字符串开头，其余的报头应该包含列中观察结果的基因型
复制应具有相同的列标题。
| Frame | Control | Control | Control | Experimental | Experimental | Experimental |
|---|---|---|---|---|---|---|
| index# | data | data | data | data | data | data |
------------
Installation
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pip install luctools
----
TO DO
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* Implement statistical comparison 组之间的相位。
*在读docs时添加api引用。
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*numpy
*pandas
*scipy
*matplotlib
*seaborn
*peakutils
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许可证
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2018 alexander m.crowell:bsd-3
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luctools提供了一个工具集，用于绘制、绘制和计算基于荧光素酶的生物钟表达实验的周期和阶段。
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动机
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以及分析昼夜荧光素酶时间序列的再现性。
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——*绘制时间序列，并在重复之间计算平均值和CIs。
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*分解衰变和基线的信号。
*计算和绘制周期和相位。
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用法：从luctools import analyse读取数据和实验采样率（样本/小时）
`` python
[imagerelative]（data/test.png“undetrended”）
`` python
[imagerelative]（data/test2.png“detrendd”）
`` python
计算每个时间序列的周期
数据。get_periods（）
计算每个时间序列的阶段
数据。get_phases（）
绘制每个时间序列的周期与阶段
数据。gen_phase_plot（输出路径）
```
！[imagerelative]（data/test_phase_v_period.png“period_phase”）
有关数据格式的说明
luctools希望输入文件格式为逗号分隔格式。第一列应该索引观察结果。报头应该以任何字符串开头，其余的报头应该包含列中观察结果的基因型
复制应具有相同的列标题。
| Frame | Control | Control | Control | Experimental | Experimental | Experimental |
|---|---|---|---|---|---|---|
| index# | data | data | data | data | data | data |
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Installation
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pip install luctools
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TO DO
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* Implement statistical comparison 组之间的相位。
*在读docs时添加api引用。
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*numpy
*pandas
*scipy
*matplotlib
*seaborn
*peakutils
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许可证
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2018 alexander m.crowell:bsd-3
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