jsl-pathfinder 1.2.1

探路者

morris水迷宫搜索策略与熵分析。

由不列颠哥伦比亚大学的Matthew Cooke创建

有关探路者的更详细概述，请访问我们的wiki

概要

pathfinder包是morris水迷宫的搜索策略分析工具，可以扩展到其他空间导航任务。该程序分析了从商用跟踪软件导出的x-y坐标数据。探路者目前支持输出：Ethovision、Anymazy、Watermaze和EzTrack。然后我们计算出试验的最佳匹配搜索策略。试验可分为：直接游泳、定向搜索、焦点搜索、空间间接、链接、扫描、thigmotaxis和随机搜索。

用法示例

1. 如果通过PYPI安装，则可以通过调用探路者（在终端窗口中键入探路者）或导航到安装位置并在终端窗口中调用（键入terminal）python pathfinder.py来打开程序。有关安装说明，请参见安装。

2. 这将打开主图形用户界面窗口。

   

3. 您可以从文件下拉菜单中选择单个文件或包含导出文件的目录。

4. 从这里，您可以选择为所选的测试生成热图，或者选择（a）-搜索策略分析" rel="nofollow">（b）计算搜索策略。

（a）生成热图

探路者软件包可以有效地生成热图。为此，请执行以下步骤。

1. 导入目录或文件后，选择"文件"->；生成热图"

2. 将出现一个参数面板：

   

3. "参数"面板允许您根据需要调整输出：

   1. 网格大小。这大致可以转化为要放入多少个数据箱。有关网格大小的详细信息，请参见matplotlib文档（此处）

   2. 最大值。这将允许您更改热图中的点在哪个值将成为其最饱和（暗红色）。设置"自动"将动态分配最大值，使其等于最大网格的值。

   3. 日：用于计算热图的一天或一系列天。（例如1或3-6或全部）

   4. 试验：在上述选定的日期进行的试验或一系列试验。（例如全部或1-4或2）

4. 然后，您可以单击"生成"，我们的软件将绘制试用数据的热图。

   

（b）搜索策略分析

1. 对于搜索策略分析，我们有多种选择。要设置自己的策略参数，请单击"设置"。

2. "设置"按钮将生成一个"参数"面板：

   

3. 在"设置参数"窗格中，可以选择和取消选择任何搜索策略。取消选择策略将使它们不再被考虑。您还可以定义每个策略的截止值。有关这些值的定义，请参见Cooke等人，2019年，准备中。

4. 选择参数后，请务必选择跟踪软件。目前支持Ethovision、anymaze、Watermaze和EzTrack。

5. 然后，您可以更改主值以适合您的数据。平台位置、游泳池中心和游泳池直径可自动计算，用于具有一致单个平台位置的试验组。对于所有其他数据，必须手动定义这些值（例如：平台位置（x，y）6.53，-17.3）。有关这些值的更深入解释，请参见Cooke等人，2019年，在准备中。

6. 计算按钮上方有4个复选框。第一个，缩放值用于自动缩放默认值，以便更好地匹配数据。它使用像素/cm和池直径来确定一个常数c，用它来乘以一些参数。（注意：如果使用自定义值，最好禁用缩放功能）以下两个复选框启用手动分类。手动分类可用于我们的算法无法确定的试验（未分类试验的手动分类）或所有试验（所有试验的手动分类）。最后一个复选框用于计算试验的熵。这需要Matlab。

   

7. 对参数满意后，单击"计算"。这将开始为试验确定搜索策略的过程。计算完成后，将显示结果。

   

8. 您的结果将保存为.csv文件，无论在输出文件字段中选择了什么名称。您还将收到一个执行的日志文件，以及保存在当前工作目录中的任何生成路径。CSV文件将使用您使用的任何默认CSV软件自动打开。

动机

这个程序是为了简化和消除morris水迷宫搜索策略分析中的不一致之处而开发的。

安装

安装程序对MacOS和Windows用户都很容易。

Pathfinder要求您使用Python3.6或更高版本。我们强烈建议通过anaconda包安装conda for pythonhttps://www.anaconda.com/distribution/。一旦安装，探路者的安装就很容易了。

对于最新的稳定版本，可以克隆github存储库或通过pypi安装。对于MOS该软件的最新测试版，github存储库的开发分支将承载当前正在开发的版本。

安装说明：

窗口：

从python包索引安装： 从"开始"菜单启动run并在"运行"中键入cmd来启动一个命令窗口。

打开命令shell后，键入pip install jsl pathfinder

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从Github安装

在此处下载并安装git:https://git-scm.com rel="nofollow">https://git scm.com

打开git bash。

将当前工作目录更改为要创建克隆目录的位置。

键入git clone https://github.com/matthewbcooke/pathfinder

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