区间装箱方案的python实现
interval-binning的Python项目详细描述
以下是一些用于处理区间装箱方案的实用函数 在UCSC Genome Browser中使用。此方案可用于 实现基于重叠的快速间隔查询,基本上模拟 R-tree索引。
注意,有些数据库系统本机支持空间索引方法,如 R-树。例如,请参见的PostGIS扩展 PostgreSQL。
虽然原则上这种方法可以用于任何类型的 间隔,请注意此实现支持的最大位置 是2^29(覆盖了人类最长的染色体)。
用法
请参阅documentation。
安装
使用pip通过pypi安装最新版本:
pip install interval-binning