查看ipython笔记本中的分子。
imolecule的Python项目详细描述
iMolecule
==
一个可嵌入的WebGL分子查看器和文件格式转换器。
http://patrickfuller.github.io/iMolecule/
==examples
=
*[ipython笔记本]（http://patrickfuller.github.io/iMolecule/examples/ipython.html）
*[金属有机框架（http://patrickfuller.github.io/imolecule/examples/mof.html）
ipython
==
ipython笔记本是一个开源工具，可以在许多应用程序中取代Matlab。作为一个科学家，我完全赞成。因此，我制作了
手柄，以便在笔记本上使用iMolecule。通过pip安装：
````
pip将imolecule
````
打开一个新笔记本，键入：
``python
import imolecule
imolecule.draw（"cc1（c（n2c（s1）c（c2=o）nc（=o）c c3=cc=c3）c（=o）o）c"）
```
这将转换、优化并将指定的
smiles结构（在本例中为青霉素）绘制到笔记本中。
如果您没有open babel，请参见下面的安装详细信息。
抽屉可以处理[此处]指定的任何格式（http://openbabel.org/docs/2.3.1/fileformats/overview.html），
，并且可以设置为更好地处理不同的用例。查看与ipython接口相关联的docstrings
了解更多信息。
如果要在自己的计算机上运行文件格式转换器，请使用以下命令安装库：
````
````
`````
th：
````
imolecule
`````
默认站点允许通过一个简单的文件拖放界面加载分子。将文件拖到浏览器中的任意位置并拖放以加载。这个
接口通过websocket与openbabel进行通信，因此大多数文件格式都应该可以工作。请确保将文件的扩展名设置为其数据类型（如"MOL"、"PDB"等），以便格式推断正常工作。
如果您有一个现有的Web服务器，TORNADO可以很容易地切换到其他库。如果您想使用imolecule作为更广泛用户界面的起点，那么服务器将被编写为可扩展的。在这两种情况下，
通读源代码-它非常短。
>首先下载缩小的javascript文件：
``````
wget https://raw.githubusercontent.com/patrickfuller/imolecule/master/imolecule/js/build/imolecule.min.js
```
将此文件与[jquery]一起包含在项目中，然后与以下项一起使用：
``javascript
imolecule.create（'my-selector'）；
imolecule.draw（mymolecule）；
````
对象。有关对象结构的更多信息，请参见下面的，或者只查看
包含的示例。"imolecule.create（）"方法接受一些可选参数，
指定一些常用的绘图和相机类型。
``javascript
选项={
绘图类型："ball and stick"，///可以是"ball and stick"，"wireframe"或"space filling"
cameratype:"perspective"，//是"透视"还是"正交"
shader:"toon"//three.js shader to use，可以是"toon"、"basic"、"phong"或"lambert"
}；
`````
分子数据格式
=====
在其核心，imolecule将输入的化学结构作为javascript对象。
作为exa例如，考虑苯：
``javascript
{
原子：[
{元素："c"，位置：[-0.762160，1.168557，0.022754]}，
{元素："c"，位置：[0.631044，1.242862，-0.013022]}，
{元素："c"，位置：[1.391783，0.076397，-0.012244]}，
{元素："c"，位置：[0.762101，-1.168506，0.026080]}，
{元素："c"，位置：[-0.631044，-1.242903，-0.011791]}，
{元素："c"，位置：[-1.391806，-0.076430，-0.014083]}，
]，
键：[
{原子：[0，1]，顺序：2}，
{原子：[1，2]，顺序：1}，
{原子：[2，3]，顺序：2}，
{原子：[3，4]，顺序：1}，
{atoms:[4，5]，order:2}，
{atoms:[0，5]，order:1}
]
}
````
r/>open babel
==
[open babel]（http://openbabel.org/wiki/main_page）是一个开放源码库，可用于100多种化学文件格式的相互转换。imolecule使用open babel
在绘制之前将输入格式转换为json。因此，要将imolecule
与非json格式一起使用，您将需要open babel。
open babel最好从源代码安装。有关更多信息，请阅读
[打开babel安装说明]（http://openbabel.org/docs/dev/installation/install.html）。
````
git clone https://github.com/openbabel/openbabel
mkdir build&；cd build
cmake../openbabeel-dpython-bindings=on
make&；makeinstall
``
open babel的旧版本可以通过标准包管理器找到，
并且确实支持开发版本的大部分功能。如果您在从源代码构建方面有困难，请检查包管理器的
openbabel。
==
一个可嵌入的WebGL分子查看器和文件格式转换器。
http://patrickfuller.github.io/iMolecule/
==examples
=
*[ipython笔记本]（http://patrickfuller.github.io/iMolecule/examples/ipython.html）
*[金属有机框架（http://patrickfuller.github.io/imolecule/examples/mof.html）
ipython
==
ipython笔记本是一个开源工具，可以在许多应用程序中取代Matlab。作为一个科学家，我完全赞成。因此，我制作了
手柄，以便在笔记本上使用iMolecule。通过pip安装：
````
pip将imolecule
````
打开一个新笔记本，键入：
``python
import imolecule
imolecule.draw（"cc1（c（n2c（s1）c（c2=o）nc（=o）c c3=cc=c3）c（=o）o）c"）
```
这将转换、优化并将指定的
smiles结构（在本例中为青霉素）绘制到笔记本中。
如果您没有open babel，请参见下面的安装详细信息。
抽屉可以处理[此处]指定的任何格式（http://openbabel.org/docs/2.3.1/fileformats/overview.html），
，并且可以设置为更好地处理不同的用例。查看与ipython接口相关联的docstrings
了解更多信息。
如果要在自己的计算机上运行文件格式转换器，请使用以下命令安装库：
````
````
`````
th：
````
imolecule
`````
默认站点允许通过一个简单的文件拖放界面加载分子。将文件拖到浏览器中的任意位置并拖放以加载。这个
接口通过websocket与openbabel进行通信，因此大多数文件格式都应该可以工作。请确保将文件的扩展名设置为其数据类型（如"MOL"、"PDB"等），以便格式推断正常工作。
如果您有一个现有的Web服务器，TORNADO可以很容易地切换到其他库。如果您想使用imolecule作为更广泛用户界面的起点，那么服务器将被编写为可扩展的。在这两种情况下，
通读源代码-它非常短。
>首先下载缩小的javascript文件：
``````
wget https://raw.githubusercontent.com/patrickfuller/imolecule/master/imolecule/js/build/imolecule.min.js
```
将此文件与[jquery]一起包含在项目中，然后与以下项一起使用：
``javascript
imolecule.create（'my-selector'）；
imolecule.draw（mymolecule）；
````
对象。有关对象结构的更多信息，请参见下面的，或者只查看
包含的示例。"imolecule.create（）"方法接受一些可选参数，
指定一些常用的绘图和相机类型。
``javascript
选项={
绘图类型："ball and stick"，///可以是"ball and stick"，"wireframe"或"space filling"
cameratype:"perspective"，//是"透视"还是"正交"
shader:"toon"//three.js shader to use，可以是"toon"、"basic"、"phong"或"lambert"
}；
`````
分子数据格式
=====
在其核心，imolecule将输入的化学结构作为javascript对象。
作为exa例如，考虑苯：
``javascript
{
原子：[
{元素："c"，位置：[-0.762160，1.168557，0.022754]}，
{元素："c"，位置：[0.631044，1.242862，-0.013022]}，
{元素："c"，位置：[1.391783，0.076397，-0.012244]}，
{元素："c"，位置：[0.762101，-1.168506，0.026080]}，
{元素："c"，位置：[-0.631044，-1.242903，-0.011791]}，
{元素："c"，位置：[-1.391806，-0.076430，-0.014083]}，
]，
键：[
{原子：[0，1]，顺序：2}，
{原子：[1，2]，顺序：1}，
{原子：[2，3]，顺序：2}，
{原子：[3，4]，顺序：1}，
{atoms:[4，5]，order:2}，
{atoms:[0，5]，order:1}
]
}
````
r/>open babel
==
[open babel]（http://openbabel.org/wiki/main_page）是一个开放源码库，可用于100多种化学文件格式的相互转换。imolecule使用open babel
在绘制之前将输入格式转换为json。因此，要将imolecule
与非json格式一起使用，您将需要open babel。
open babel最好从源代码安装。有关更多信息，请阅读
[打开babel安装说明]（http://openbabel.org/docs/dev/installation/install.html）。
````
git clone https://github.com/openbabel/openbabel
mkdir build&；cd build
cmake../openbabeel-dpython-bindings=on
make&；makeinstall
``
open babel的旧版本可以通过标准包管理器找到，
并且确实支持开发版本的大部分功能。如果您在从源代码构建方面有困难，请检查包管理器的
openbabel。
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