cy 0.3.0

方法纠正crispr-cas9基因无关拷贝数效应。

说明

crispy使用Sklearn实现Gaussian Process Regression，独立地拟合每个样本。

安装

安装^{}，然后安装Crispy

conda install -c bioconda pybedtools

pip install cy

示例

importcrispyascyimportmatplotlib.pyplotasplt# Import datarawcounts,copynumber=cy.Utils.get_example_data()# Import CRISPR-Cas9 librarylib=cy.Utils.get_crispr_lib()# Instantiate Crispycrispy=cy.Crispy(raw_counts=rawcounts,copy_number=copynumber,library=lib)# Fold-changes and correction integrated funciton.# Output is a modified/expanded BED formated data-frame with sgRNA and segments informationbed_df=crispy.correct(x_features='ratio',y_feature='fold_change')print(bed_df.head())# Gaussian Process Regression is storedcrispy.gpr.plot(x_feature='ratio',y_feature='fold_change')plt.show()

学分和许可证

于Wellcome Sanger Institue（2017-2019）开发。

引用请参考：

Gonçalves E, Behan FM, Louzada S, Arnol D, Stronach EA, Yang F, Yusa K, Stegle O, Iorio F, Garnett MJ (2019) Structural rearrangements generate cell-specific, gene-independent CRISPR-Cas9 loss of fitness effects. Genome Biol 20: 27

标签：

• 数据
• data
• lib
• gaussian
• 建模
• process
• feature
• crispy
• cy
• crispr

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