用于处理IHM mmcif和binarycif文件的包
ihm的Python项目详细描述
这是一个python包,用于帮助处理mmCIF 和BinaryCIF文件符合 integrative/hybrid modeling (IHM) 分机。它适用于Python2.6或更高版本(完全支持Python3)。
请see the documentation 或者一些 worked examples 更多细节。
使用PIP安装
pip install ihm
注意,C扩展模块是为了更快地解析mmcif文件而构建的。
这要求系统具有C编译器。如果你不想建造
C扩展模块,安装时
pip install ihm --install-option="--without-ext"
。
从源代码安装
要从github存储库的克隆构建和安装,请运行
python setup.py build
python setup.py install
注意,C扩展模块是为了更快地解析mmcif文件而构建的。
这要求您的系统有一个C编译器
以及SWIG。如果缺少这些组件,则
可以通过向两者添加--without-ext
来选择不带扩展名的生成
setup.py
上面的命令行。
如果你想读或写BinaryCIF 文件,您还需要 pythonmsgpack包。
测试
在test
目录中有许多测试用例。每个人都可以跑
就像测试库的普通python脚本一样。他们也都可以
一旦使用nose
或者pytest。他们还将测试
C扩展模块,如果它首先使用
python setup.py build_ext --inplace
。