用于处理IHM mmcif和binarycif文件的包

ihm的Python项目详细描述


DOIdocspypi packageLinux Build StatusWindows Build Statuscodecov

这是一个python包,用于帮助处理mmCIFBinaryCIF文件符合 integrative/hybrid modeling (IHM) 分机。它适用于Python2.6或更高版本(完全支持Python3)。

see the documentation 或者一些 worked examples 更多细节。

使用PIP安装

pip install ihm

注意,C扩展模块是为了更快地解析mmcif文件而构建的。 这要求系统具有C编译器。如果你不想建造 C扩展模块,安装时 pip install ihm --install-option="--without-ext"

从源代码安装

要从github存储库的克隆构建和安装,请运行

python setup.py build
python setup.py install

注意,C扩展模块是为了更快地解析mmcif文件而构建的。 这要求您的系统有一个C编译器 以及SWIG。如果缺少这些组件,则 可以通过向两者添加--without-ext来选择不带扩展名的生成 setup.py上面的命令行。

如果你想读或写BinaryCIF 文件,您还需要 pythonmsgpack包。

测试

test目录中有许多测试用例。每个人都可以跑 就像测试库的普通python脚本一样。他们也都可以 一旦使用nose 或者pytest。他们还将测试 C扩展模块,如果它首先使用 python setup.py build_ext --inplace

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