malign 0.2

安装和使用

该库可以安装为任何标准的Python库 pip，并按以下代码段中的说明使用：

在任何标准的Python环境中，malign可以与以下组件一起安装：

$ pip install malign

在大多数情况下，传递要对齐的序列和 指向^{tt6}的方法（例如anw或yenksp）$ 功能：

评分矩阵可以用辅助方法计算， 包括各种优化，或从JSON文件读取：

>>>ita_rus=malign.ScoringMatrix(filename="docs/ita_rus.matrix")>>>alms=malign.multi_align(["Giacomo","Яков"],k=4,method="anw",matrix=ita_rus)>>>print(malign.tabulate_alms(alms))|Idx|Seq|Score|#0  |  #1  |  #2  |  #3  |  #4  |  #5  |  #6  |  #7  ||-------|-------|---------|------|------|------|------|------|------|------|------||0|A|2.86|G|i|a|c|o|m|o|||0|B|2.86|-|Я|-|к|о|в|-|||||||||||||||1|A|2.29|G|i|a|c|o|m|o|||1|B|2.29|-|Я|-|к|о|-|в|||||||||||||||2|A|2.12|G|i|a|c|o|m|o|-||2|B|2.12|-|Я|-|к|о|-|-|в||||||||||||||3|A|2.12|G|i|a|c|o|m|o|-||3|B|2.12|-|Я|-|к|-|-|о|в|

也可以通过命令行^{tt3}使用该库$ 工具。如果没有提供矩阵，则默认使用一个恒等式。在

$ ▶ malign baba,maa
| Idx   | Seq   |   Score |#0  |  #1  |  #2  |  #3  |
|-------|-------|---------|------|------|------|------||0| A     |   -0.47 |  b   |  a   |  b   |  a   ||0| B     |   -0.47 |  m   |  a   |  -   |  a   |

$ ▶ malign --matrix docs/ita_rus.matrix -k 6 Giacomo,Яков
| Idx   | Seq   |   Score |#0  |  #1  |  #2  |  #3  |  #4  |  #5  |  #6  |  #7  |
|-------|-------|---------|------|------|------|------|------|------|------|------||0| A     |2.86 |  G   |  i   |  a   |  c   |  o   |  m   |  o   |||0| B     |2.86 |  -   |  Я   |  -   |  к   |  о   |  в   |  -   |||||||||||||||1| A     |2.29 |  G   |  i   |  a   |  c   |  o   |  m   |  o   |||1| B     |2.29 |  -   |  Я   |  -   |  к   |  о   |  -   |  в   |||||||||||||||2| A     |2.12 |  G   |  i   |  a   |  c   |  o   |  m   |  o   |  -   ||2| B     |2.12 |  -   |  Я   |  -   |  к   |  о   |  -   |  -   |  в   ||||||||||||||3| A     |2.12 |  G   |  i   |  a   |  c   |  o   |  m   |  o   |  -   ||3| B     |2.12 |  -   |  Я   |  -   |  к   |  -   |  -   |  о   |  в   ||||||||||||||4| A     |2.12 |  G   |  i   |  a   |  c   |  o   |  m   |  -   |  o   ||4| B     |2.12 |  -   |  Я   |  -   |  к   |  о   |  -   |  в   |  -   ||||||||||||||5| A     |2.12 |  G   |  i   |  a   |  c   |  o   |  -   |  m   |  o   ||5| B     |2.12 |  -   |  Я   |  -   |  к   |  о   |  в   |  -   |  -   |

变更日志

版本0.1:-内部发布、测试和 社区外展

版本0.2:-主要修订与不对称的针线工Wunsch和Yen's k-最短路径实现。-增加了评分矩阵对象排序 以一致和可复制的方式校准，即使校准 分数是一样的

路线图

版本0.3:-完成文档和设置readthedocs-添加 基于杂质/熵的稀疏矩阵推理新方法- 更详细地描述矩阵填充方法-考虑实现 UPGMA和NJ多重校准-添加可视化功能/方法 用于yenksp方法的图-实现块和局部 在anw和yenksp中搜索，起始/结尾不同 职位-在可能的情况下实现记忆化-考虑扩展 通过添加随机间隔（pad_align）作为额外的 基线方法-允许anw在阈值百分比内工作 最佳得分-实现一种结合 不同算法-矩阵的加法方法与演示 优化

社区指南

虽然可以直接联系作者寻求支持，但是 建议第三方使用GitHub标准功能，如 发布和请求请求、贡献、报告问题或寻求 支持。在

提供帮助的准则，包括行为准则，可以在 CONTRIBUTING.md文件。在

作者和引文

这个库是由Tiago Tresoldi（tresoldi@shh.mpg.de）开发的。在

作者获得了欧洲研究理事会（ERC）的资助 欧盟地平线2020研究与创新 计划（拨款协议编号ERC Grant #715618， Computer-Assisted Language Comparison。在

如果您使用malign，请引用为：

Tresoldi, Tiago (2020). MALIGN, a library for multiple asymmetric alignments on different alphabets. Version 0.2. Jena.

在BibTeX中：

@misc{Tresoldi2020malign,author={Tresoldi, Tiago},title={MALIGN, a library for multiple asymmetric alignments on different alphabets. Version 0.2},howpublished={\url{https://github.com/tresoldi/malign}},address={Jena},publisher={Max Planck Institute for the Science of Human History}year={2020},}