通过吸管快速从Juicebox HIC文件中提取数据
hic-straw的Python项目详细描述
吸管
straw允许对.hic文件进行编程访问。
.hic文件存储hi-c实验的接触矩阵和
规范化和期望向量，以及头中的元数据。
主要函数straw接受规范化、文件名或URL， 染色体1（可选范围）、染色体2（可选范围） 所需的bin是以片段还是以基对分隔，以及bin大小
然后读取报头，跟随各种指向所需矩阵的指针 和标准化向量，存储为[x，y，count]
Usage: straw <NONE/VC/VC_SQRT/KR> <hicFile(s)> <chr1>[:x1:x2] <chr2>[:y1:y2] <BP/FRAG> <binsize>
有关更多文档，请参见https://github.com/theaidenlab/straw/wiki/Python
安装
Straw使用requests library来支持url确保已安装
示例
在本地文件“hic001.hic”中以1MB分辨率提取X染色体上的所有读取，不进行规范化
fromstrawimportstrawresult=straw.straw('NONE','HIC001.hic','X','X','BP',1000000)# the values returned are in x / y / countsforiinrange(len(result[0])):print("{0}\t{1}\t{2}".format(result[0][i],result[1][i],result[2][i]))
从Rao和Huntley等人的MAPQ 30组合图中提取500KB分辨率下的所有读取数据，并进行VC（覆盖率）标准化2014年
fromstrawimportstrawresult=straw.straw('VC','https://hicfiles.s3.amazonaws.com/hiseq/gm12878/in-situ/combined_30.hic','4','4','BP',500000)# the values returned are in x / y / countsforiinrange(len(result[0])):print("{0}\t{1}\t{2}".format(result[0][i],result[1][i],result[2][i]))
用KR（平衡）规范化以25KB分辨率提取1号染色体上介于1MB和7.5MB之间的读取并写入文件：
fromstrawimportstrawstraw.printme("KR","HIC001.hic","1:1000000:7500000","1:1000000:7500000","BP",25000,'out.txt')
用VC（香草覆盖率）标准化，以500片段分辨率提取5号染色体和12号染色体之间的所有染色体间读数：
fromstrawimportstrawresult=straw.straw("VC","HIC001.hic","5","12","FRAG",500)# the values returned are in resultsforiinrange(len(result[0])):print("{0}\t{1}\t{2}".format(result[0][i],result[1][i],result[2][i]))
有关如何将结果打印到文件的示例，请参见脚本straw.py。
读取标题
有关读取hic文件头并输出信息（包括分辨率）的python脚本，请参见文件read_hic_header.py。
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