这个python模块生成、检查和更正四进制hamming条码。
hamstring的Python项目详细描述
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/mdshw5/hamstring.svg？branch=master）（https://travis ci.org/mdshw5/hamstring）
[！[pypi]（https://pypi.python.org/pypi/hamstring）]（https://img.shields.io/pypi/v/hamstring.svg？branch=master）
此python模块生成、检查并更正四元hamming条码。产生四元（DNA）汉明条码的理论来自出版物[Bystrykh，L.V.（2012）。基于hamming码的广义dna条码设计。《公共科学图书馆一号》（http://www.plos one.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0036852）。目前，"仓位"模块只适用于汉明7,4编码，但可以推广到其他大小的数据和奇偶校验位。
[！[图1 bystrykh等人]（redist/figure1.png）]（http://journals.plos.org/plosone/article？id=10.1371/journal.pone.0036852\pone-0036852-g001）
--奇偶校验
奇偶校验位的长度，例如汉明8的4，4.
默认值=3
示例输出：
索引基4核苷酸gc
0 0000000 aaaaaaaaaa 0.0
1 330301 ttaaac 0.14
2 2202002 ggagag 0.57
3 1101003 ccacat 0.43
4 0303010 ataca 0.14
**汉明校验和列表DNA条形码**
check barcodes.py[-h]list
参数：
要检查的条形码列表，每行一个
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
-p奇偶校验，--奇偶校验
奇偶校验位的长度，例如汉明8,4的4。
默认值=3
示例输出：
t在3号位置
agagagagagaga正常
tcacagc正常
gaacagg gaaaagg a>；c在位置4
ctatagt ctatagt ok
tttaaan nnnnnnn bad
nnnnnnn nnnnn bad
**tag fastq用条形码读取（用于生成模拟数据集）**
参数：
nb生成
fastq fastq文件以处理
新fastq文件的输出名称
-e，--rate单个条形码基本错误的错误率。默认值=0.05
-p奇偶校验，-parity奇偶校验
奇偶校验位的长度，例如4表示hamming8,4。
default=3
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
hhhdh>；dgg@7@？##########################################
example output:
@HWI-EAS179_0001:5:1:7:119#0/1
CCATGGCCAGGGCGCGAATGNTTTGAGAGGGANATTGGAAANNNNNGATAGANNGGNCTATNNTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+
HHHHHHHHIHHHGHHHFDHH#EHHH?hhhdh>；dgg@7@？##########################################
**Check and fix barcodes in fastq file**
fixFastq.py [-h] [-s] list fastq out
arguments:
list list of barcodes used in experiment, one per line
fastq fastq file to process
out 新fastq文件名
-s，--strict将列表中未列出的所有条形码更改为'n'
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
hhhdh>；dgg@7@？##########################################
example output:
@HWI-EAS179_0001:5:1:7:119#0/1
CCATGGCCAGGGCGCGAATGNTTTGAGAGGGANATTGGAAannnnngataganggnctatnntgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
+
hhhhhhhhhhhhhhfdhh？hhhdh>；dgg@7@？##########################################
## Requirements
- Python 2.7 or Python 3.2+
## Hamstring Module
The core hamstring module has no external module dependencies and should run under any OS.
`base4Encode(n,d）`用于将十进制表示法*n*转换为带*d*前导数字的四进制表示法。*示例*：
drastring.base4encode（22，4）
[0，1，1，2]
`generate hamming（data，parity）`用于从具有*parity*奇偶位数的四位数字*data*列表中生成dna四位hamming码。
*示例*：
``python
>；生成编码（[0,1,1,2,3）
条形码（base4='1100112'，核苷酸='ccaaccg'，gc=0.71）
>；>generatehamming（[0,1,1,2]，4）
条形码（base4='11001122'，核苷酸='ccaaccgg'，gc=0.75）
`````
`解码汉明码（条形码，奇偶校验）`用于解码*条形码*核苷酸汉明码带*奇偶校验*奇偶校验位数的字符串，并根据需要执行错误更正。
*示例*：
`` python
>；>decodehamming（'ccaaccg'，3）
checkedbarcode（nucleode='ccaaccg'，chksum='ok'）
>；
>；>decodehamming（'ccatcg'，3）
检查条码（核苷酸='ccaaccg'，chksum='a>；t at pos 4'）
>；
>；>decodehamming（'tcatccgg'，4）
checkedbarcode（核苷酸='nnnnnnn'，chksum='bad'）
````
[！[pypi]（https://pypi.python.org/pypi/hamstring）]（https://img.shields.io/pypi/v/hamstring.svg？branch=master）
此python模块生成、检查并更正四元hamming条码。产生四元（DNA）汉明条码的理论来自出版物[Bystrykh，L.V.（2012）。基于hamming码的广义dna条码设计。《公共科学图书馆一号》（http://www.plos one.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0036852）。目前，"仓位"模块只适用于汉明7,4编码，但可以推广到其他大小的数据和奇偶校验位。
[！[图1 bystrykh等人]（redist/figure1.png）]（http://journals.plos.org/plosone/article？id=10.1371/journal.pone.0036852\pone-0036852-g001）
--奇偶校验
奇偶校验位的长度，例如汉明8的4，4.
默认值=3
示例输出：
索引基4核苷酸gc
0 0000000 aaaaaaaaaa 0.0
1 330301 ttaaac 0.14
2 2202002 ggagag 0.57
3 1101003 ccacat 0.43
4 0303010 ataca 0.14
**汉明校验和列表DNA条形码**
check barcodes.py[-h]list
参数：
要检查的条形码列表，每行一个
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
-p奇偶校验，--奇偶校验
奇偶校验位的长度，例如汉明8,4的4。
默认值=3
示例输出：
t在3号位置
agagagagagaga正常
tcacagc正常
gaacagg gaaaagg a>；c在位置4
ctatagt ctatagt ok
tttaaan nnnnnnn bad
nnnnnnn nnnnn bad
**tag fastq用条形码读取（用于生成模拟数据集）**
参数：
nb生成
fastq fastq文件以处理
新fastq文件的输出名称
-e，--rate单个条形码基本错误的错误率。默认值=0.05
-p奇偶校验，-parity奇偶校验
奇偶校验位的长度，例如4表示hamming8,4。
default=3
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
hhhdh>；dgg@7@？##########################################
example output:
@HWI-EAS179_0001:5:1:7:119#0/1
CCATGGCCAGGGCGCGAATGNTTTGAGAGGGANATTGGAAANNNNNGATAGANNGGNCTATNNTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN
+
HHHHHHHHIHHHGHHHFDHH#EHHH?hhhdh>；dgg@7@？##########################################
**Check and fix barcodes in fastq file**
fixFastq.py [-h] [-s] list fastq out
arguments:
list list of barcodes used in experiment, one per line
fastq fastq file to process
out 新fastq文件名
-s，--strict将列表中未列出的所有条形码更改为'n'
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
hhhdh>；dgg@7@？##########################################
example output:
@HWI-EAS179_0001:5:1:7:119#0/1
CCATGGCCAGGGCGCGAATGNTTTGAGAGGGANATTGGAAannnnngataganggnctatnntgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
+
hhhhhhhhhhhhhhfdhh？hhhdh>；dgg@7@？##########################################
## Requirements
- Python 2.7 or Python 3.2+
## Hamstring Module
The core hamstring module has no external module dependencies and should run under any OS.
`base4Encode(n,d）`用于将十进制表示法*n*转换为带*d*前导数字的四进制表示法。*示例*：
drastring.base4encode（22，4）
[0，1，1，2]
`generate hamming（data，parity）`用于从具有*parity*奇偶位数的四位数字*data*列表中生成dna四位hamming码。
*示例*：
``python
>；生成编码（[0,1,1,2,3）
条形码（base4='1100112'，核苷酸='ccaaccg'，gc=0.71）
>；>generatehamming（[0,1,1,2]，4）
条形码（base4='11001122'，核苷酸='ccaaccgg'，gc=0.75）
`````
`解码汉明码（条形码，奇偶校验）`用于解码*条形码*核苷酸汉明码带*奇偶校验*奇偶校验位数的字符串，并根据需要执行错误更正。
*示例*：
`` python
>；>decodehamming（'ccaaccg'，3）
checkedbarcode（nucleode='ccaaccg'，chksum='ok'）
>；
>；>decodehamming（'ccatcg'，3）
检查条码（核苷酸='ccaaccg'，chksum='a>；t at pos 4'）
>；
>；>decodehamming（'tcatccgg'，4）
checkedbarcode（核苷酸='nnnnnnn'，chksum='bad'）
````
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