生成交互式go扩展html报告的r topgo包的轻量级包装器
GOldwasher的Python项目详细描述
goldwaser是r包的轻型包装 topgo（https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html）。这个 洗金机的作用仅限于计算go项富集 （通过elimfisher算法）目标基因列表及其生成 各自的go子图图像（通过 graphviz（http://www.graphviz.org/）-图形可视化软件） 包含他们的注释。然后将这些元素合并到 html每个输入列表一个报告文件，然后可以交互 探索。本模块的目的和重点是促进 几个基因表。
当前版本：0.2.9（alpha）
提供基本功能和基本文档。方法和功能 如果输入没有偏离预期（无输入到少量输入 但它们还没有经过广泛的测试。
todo:
- 编写（正确的）测试
- 改进文档
- 重新考虑r interface mod
- 使oboe mod独立于本体mod
- 扩展功能（选择和比较子集）
安装
# pip install GOldwasher-0.2.8.tar.gz
或
# pip install GOldwasher
要求： 非python依赖项是：
- graphvizhttp://www.graphviz.org/
- go obo文件（http://geneontology.org/page/download-ontology）
R包（以及固有的R）：
- topgohttp://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html
- jsonlitehttps://cran.r-project.org/web/packages/jsonlite/index.html
应安装/下载这些包/文件，以使goldwaser正常工作。全部 其他python依赖项应该由pip自动解析。
用法
goldwaser可以作为一个模块使用，利用它的方法，或者更容易 它可以方便地从其命令工具“goldpanner”中使用
goldpanner [-h] -c CONFIG -i INPUTDIR
{ANNOT,ENRICH,DAG,REPORT}
例如：
goldpanner -c settings.ini -i lists/ REPORT
-cini文件，使用以下结构进行常规设置：
[meta][vars]
alpha = 0.01
organism = phaeodactylum
[sources]
functionalDesc = /path/to/tabseparedfile/withIDtabFunctionalDescription.txt
g_map = /path/to/mappings/identifier2GOaccessions.txt
obofile = /path/to/go-basic.obo
#linkinsets = /path/to/custom/organisms.json
[vars]
alpha-显著性水平
有机体-有机体的名称（作为“有机体.json”上的键名）
[来源]
functionaldesc
path to tab-separated file holding a column of identifiers and their matching functional descriptors.
g_映射
path to tab-separated file holding a column of identifiers and a second column with their associated GO term accession numbers separated by commas.
e.g.:
Phatr3_J43587.t1 GO:0006396,GO:0005622,GO:0005515
obofile
path to the GO ontology obo file. It can be downloaded from: http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo
linkinsets
If using organisms other than Arabidopis thaliana or Phaeodactylum tricornutum uncomment this variable and set it as the path to the customized ‘organisms.json’. By default no cross-links are generated for unknown/unset organisms.
-i带有目标列表的目录。
COMMANDS:
ANNOT - annotates identifiers lists with respective available functional descriptors.
ENRICH - performs GO term enrichment on the annotated lists.
DAG - generates color-coded GO graph image (svg format) from (topGO) enrichment results.
REPORT - generates an interactive html GO enrichment report for each list on the input directory.
可选参数：
-o输出目录（除enrich外，可与所有命令一起使用）
致谢
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