一个为属于一个较大集合的序列子集设计pcr引物的软件
genprimers的Python项目详细描述
genprimars
genprimars是一个旨在产生pcr引物的软件。不像其他 引物程序，如primer3，它专注于生成特定的 一组序列的引物（定义为目标），它是一个子集 一组更大的序列（定义为宇宙）。这是非常 例如，当我们在环境中进行16s放大实验时 样品，有很多不同的微生物，我们是 对检测spefiicphylums或clades感兴趣。基因引物是 当我们必须扩增 属于更大的一组密切相关的个体 微生物。
先决条件
- 领结1
- python 2.7版
- 赛顿
目前，运行genprimers需要1号领结。未来， 这没必要。
如何安装
自动安装
genprimars可在python pip存储库中找到
$ pip install genprimers
手动安装
在本地计算机中克隆git存储库
$ git clone git@bitbucket.org:lbmg/genprimers.git
进入克隆的存储库
$ cd genprimers
使用python安装框架安装
$ python setup.py install
示例
生成宇宙的索引
为了运行genprimers，输入的fasta文件必须用 蝴蝶结（暂时）
$ bowtie-build universe.fna universe.fna
运行genprimars
假设我们已经用 一个包含序列子集id的一栏文件 我们想要放大的宇宙（本例中的targets_ids.txt） 运行genprimars非常简单：
$ genprimers primers universe.fna targets_ids.txt output_folder
目标ID列表可以通过标准输入传递
$ cat targets_ids.txt | genprimers primers universe.fna output_folder
列出宇宙中的所有序列
为了运行genprimers，您需要fasta中目标的id 宇宙的文件，但我们常常不知道那些标识符。列出 宇宙中的身份证，以及它们各自的描述，我们可以使用 genprimers中的list命令。
$ genprimers list unvierse.fna
我们可以过滤输出列表，只报告那些属于 到某个类，然后使用该列表设计引物。在这个例子中 下面我们列出符合gluconobacter属的所有序列 描述并生成此子集的新引物：
$genprimers list universe.fna | grep Gluconobacter | cut -f1 | genprimers primer universe.fna output_prefix
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