“ga4gh变体表示（vr）引用实现（https://github.com/ga4gh/vr python/）”
ga4gh.vr的Python项目详细描述
安装
一。安装vr python
以下说明适用于ubuntu 18.04+和macos。 由于依赖关系，vr python不太可能在windows上工作。
git clone --recurse-submodules https://github.com/ga4gh/vr-python.git cd vr-python python3.7 -m venv venv/3.7 source venv/3.7/bin/activate pip install --upgrade pip setuptools pip install -e . pip install -e '.[dev,notebooks]'
（python 3.5和3.6也应该可以工作。）
2.拉取seqrepo数据
序列数据需要对序列进行规范化并推断ga4gh 序列标识符。笔记本使用SeqRepo。虚拟现实 实现者可以使用seqrepo或其他数据源。
然后，下载seqrepo：
sudo mkdir /usr/local/share/seqrepo sudo chown $USER:$USER /usr/local/share/seqrepo seqrepo pull注：这将下载大约10GB的序列数据。见 https://github.com/biocommons/biocommons.seqrepo/了解更多 信息。
运行笔记本
按照上述说明安装后，键入：
source venv/3.7/bin/activate jupyter notebook --notebook-dir notebooks/
安全性
对规范进行了独立的安全审查 本身。这个实现是按原样提供的，并且没有任何 安全保证。它需要一个独立的安全审查 在它被认为可以用于安全关键 应用。如果将此代码集成到应用程序中，则 自行承担风险和责任安排安全审计。
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