一套用于重建个人二倍体基因组和更好的坐标转换的工具
g2gtools的Python项目详细描述
g2gtools通过将snp和indel合并到参考基因组中来创建自定义基因组，提取感兴趣的区域，例如外显子或转录本，并在两个基因组之间转换文件（bam、gtf、bed）的坐标。与其他Liftover工具不同，G2GTools不会丢弃降落在Indel地区的路线。发布版本0.2现在可以创建个人的diploid基因组。新版本仍然将个人基因组坐标上的二倍体比对提升回参考水平，这样我们就可以比较一个群体中样本之间的比对。
- 自由软件：麻省理工学院许可证
- 发布版本的文档。0.2.xx:http://churchill-lab.github.io/g2gtools/。
- 发布版本的文档。0.1.xx:https://g2gtools.readthedocs.org。
参考
正在准备的手稿（预计2018年）
历史
0.2.5（2018年6月6日）
- 修正了总是生成索引文件的错误
0.2.4（2018年5月6日）
- 如果找不到，自动生成文件索引
0.2.3（2018年5月6日）
- 固定的contig树映射结束
0.2.2（2018年4月6日）
- 固定摘录文本
0.2.1（2018年5月30日）
- 解决python 3中gtf解析问题的修补程序
0.2.0（2018年9月5日）
- 支持二倍体VCF
- 重新实现以支持G2G VCI（变型呼叫信息）
- 支持python3
0.1.31（2017年2月17日）
- 自定义单倍体重建的最终版本
0.1.29（2016年5月17日）
- 修复了gatk生成的vcf文件的解析问题
0.1.27（2016年4月5日）
- 已将包上载到Anaconda Cloud
- 修正了travis ci故障
0.1.23（2016年2月15日）
- 为自动化建筑设置Travis CI
0.1.22（2016年2月15日）
- 更新的文档
0.1.20（2016年3月2日）
- 通过g2gtools.readthedocs.org上的文档发布给公众
0.1.0（2015年9月2日）
- 已启动GitHub存储库
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