fisher 0.1.5

费希尔精确检验

简单、快速地实现Fisher’s exact test。。例如，对于下表：

也许我们感兴趣的是，在选择组和非选择组中是否存在任何性质的差异，然后我们可以做fisher精确检验。

安装

在此文件夹中

easy_install .

来自PYPI

easy_install fisher

或来自Github（欢迎投稿）

git clone git://github.com/brentp/fishers_exact_test.git

用法

fisher.pvalue()接受与2乘2列联表对应的4个值，返回一个具有左尾翼、右尾翼和两个尾翼p值属性的对象

>>> from fisher import pvalue
>>> mat = [[12, 5], [29, 2]]
>>> p = pvalue(12, 5, 29, 2)
>>> p.left_tail, p.right_tail, p.two_tail  # doctest: +NORMALIZE_WHITESPACE, +ELLIPSIS
(0.04455473783507..., 0.994525206021..., 0.0802685520741...)

基准

一个简单的基准，调用fisher精确测试1000次（inscripts/rfisher.py）：

calling python fisher...
iterations/sec: 3000.62526381
calling rpy fisher...
iterations/sec: 289.225902364
calling R directly...
iterations/sec: 244.36542276

所以cython fisher的速度是rpy或r版本的10倍。