寻找和分配小分子复杂混合物的分子式
EnviroMS的Python项目详细描述
目录
- 简介 在
- 安装 在
- 执行： 在
环境
EnviroMS是一个用于自然有机物数据处理和注释的工作流
当前版本
4.1.1
数据输入格式
- “纵断面”和“质心”模式下的常规体量列表（包括所有分隔符类型和Excel格式）
数据输出格式
- 熊猫数据帧（可使用pickle、h5等保存）
- 文本文件（.csv，制表符分隔.txt等）
- Microsoft Excel（xlsx）
- 工作流元数据的自动JSON
- 自包含分层数据格式（.hdf5），包括原始数据和ime系列数据点，用于处理的数据集以及所有相关的工作流元数据（JSON）
数据结构类型
- FT-ICR质谱
- LC-FT-ICR质谱
分子式搜索与赋值
- 自动本地（SQLite）或外部（PostgreSQL）数据库检查、生成和搜索
- 天然有机物ESI（-）MS分子式自动分配算法
- 全同位素精细结构自动计算与检索
- 灵活的肯德里克规范化基础
- 基于密度聚类的Kendrick滤波器
- 肯德里克分类法
- 杂原子分类与可视化
EnviroMS安装
- PyPi:
pip3 install enviroms
- 来源：
要打开thermo原始文件，需要安装pythonnet：
窗口：
pip3 install pythonnet
在Mac和Linux：
brew install mono pip3 install pythonnet
在
运行工作流
enviroMS dump-corems-enviroms-template EnviromsFile.json
enviroMS dump-corems-template CoremsFile.json
修改环境文件.json以及CoremsFile.json文件根据数据集和工作流参数 确保包括CoremsFile.json文件内部路径环境文件.json：“corems_json_path”：“路径到”_CoremsFile.json文件““
enviroMS run-di path_to_MetamsFile.json
MiniWDL公司
更改wdl/环境_输入.json指定数据位置的步骤
在更改数据/CoremsFile.json文件指定工作流参数的步骤
在
安装miniWDL:
pip3 install miniwdl
电话：
miniwdl run wdl/enviroMS.wdl -i wdl/enviroms_input.json --verbose --no-cache --copy-input-files
警告**当前模式只允许在一个节点中进行多个处理，默认情况下一次只能处理一个作业。 要使用多处理模式，请修改参数“rundirectinpution.jobs_计数“在环境.wdl修改参数“MolecularFormulaSearch.url_数据库“开CoremsFile.json文件指向Postgresql url。默认设置为使用SQLite，在多处理模式下它将失败。在
EnviroMS Docker公司
包含EnviroMS命令行作为代码入口点的docker映像
如果没有安装docker，最简单的方法是install docker for desktop
从Docker注册表中拉出：
docker pull corilo/enviroms:latest
在或者从源代码构建图像：
docker build -t enviroms:latest .
在从容器运行工作流：
$（data_dir）=包含FT-ICR-MS数据的dir_，环境文件.json以及CoremsFile.json文件在
docker run -v $(data_dir):/enviroms/data corilo/enviroms:latest enviroMS run-di /enviroms/data/EnviromsFile.json
在保存新参数文件模板：
docker run -v $(data_dir):/enviroms/data corilo/enviroms:latest enviroMS dump_json_template /enviroms/data/EnviromsFile.json
docker run -v $(data_dir):/metaB/data corilo/enviroms:latest enviroMS dump_corems_json_template /metaB/data/CoremsFile.json
在
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